博物馆位于内罗毕市中心，是中东部非洲乃至全非最为著名的博物馆之一。1910年由东非自然历史协会发起修建。除总部内罗毕展馆外，下设16个地区博物馆和几处历史遗迹陈列馆。

博物馆从肯尼亚的历史、民族风俗、装饰艺术等多个方面向游客展示着自己独特的历史人文风貌。非洲向来被认为是人类生命的摇篮之一，博物馆对人类起源、演变和进化的历史做出了详尽的描述。除此之外，博物馆还设有介绍海洋生物、飞禽走兽的进化演变，肯尼亚国家地质变化等多方面的自然信息展出。

藏品展出各个时期的古猿、能人、直立人和智人的头盖骨为人类起源于非洲提供了有力的证据。考古厅内立有200万年前的巨象化石。石窟壁画展室中有一幅距今约2.9万年前的壁画。禽鸟馆的数十排玻璃柜内展出了900多种鸟类标本。另外，馆内还展出了数十件从肯尼亚海岸省出土的中国古代文物，包括青花瓷盘、瓷瓶和茶具，有的已经破碎，但是“大清嘉庆年制”“大清”和“长命富贵”等字依然可见。