常见的水解酶按照作用的底物分类包括：①酯水解酶。作用于酯键，包括核酸酶、磷酸二酯酶、脂肪酶以及磷酸酶。②糖水解酶。包括DNA糖基化酶、糖苷水解酶。③醚水解酶。④肽水解酶。包括蛋白酶和肽酶。⑤酸酐水解酶。包括解旋酶和GTP（鸟苷三磷酸）酶。⑥其他作用于不同化学键的水解酶。

水解酶对生物体内的降解反应至关重要。例如，在生物体的消化过程中，脂肪酶通过水解脂肪，使其分解成为较小的脂肪酸和甘油；蛋白酶水解蛋白质，将其分解为氨基酸。而脂肪酸则作为生物体能源以及合成的原料。一种重要的水解酶是乙酰胆碱酯酶。乙酰胆碱是一种重要的神经介质，当神经冲动传递到突触时，即释放囊泡内的乙酰胆碱，从而使神经冲动传递到突触后神经元并传递神经冲动，在传递结束后，乙酰胆碱的作用由乙酰胆碱酶终止，乙酰胆碱酶作用于乙酰胆碱，使其水解为胆碱和乙酸。