穴施的具体步骤是将基肥施入按行距和株距挖的穴内；再将追肥施在离作物根5～10厘米所挖的穴内。挖穴施肥的方法适用于点播或移栽作物，如玉米、棉花、番茄等。穴施一般比条施肥料施用更为集中，也比较节肥，作为基肥或种肥施用更为有效。施肥穴的位置和深度均应注意与作物根系保持适当的距离，避免伤根。施肥后覆土前最好结合灌水，可加速养分吸收利用。一般穴施深5～10厘米，施肥后覆土。为避免穴内肥料浓度较高伤害作物根系，采用穴施的有机肥必须预先经过充分腐熟，化肥须适量。推荐的施肥方法是将有机肥/厩肥与化肥先混合，再施入穴中，可以有效地防止作物根系被肥料烧伤。穴施将养分集中施用于作物根部，肥料利用率较高，但人工投入加大。为提高施肥效率，可用手持的施肥机械进行穴施。