中国近代土壤分类研究工作开始于20世纪30年代，引进了当时的美国土壤分类——马伯特分类，建立了2000多个土系，到50年代初期，中国的土壤分类基本上是继承以前所建立的土壤分类系统。1954年开始，学习苏联土壤地理发生分类，到1993年全国土壤普查办公室制定的《中国土壤分类系统》，其分类原则与方法基本沿用土壤发生学分类体系。发展过程大致可以划分为三个阶段。

第一阶段（1954～1958）。此阶段属于学习苏联地理发生分类阶段。在1954年全国土壤学会代表大会上所拟订的土壤分类第一次正式采用以地理发生为基础，以成土条件为依据，以土类为基本单元的包括土类、亚类、土属、土种和变种的五级分类制。中国土壤学会1956年制定了《暂拟中国土壤分类》，此是中国最早期的土壤地理发生分类，第一次正式将土类作为基本单元。之后，一些中国学者通过多个区域的实地考察，根据中国土壤实际陆续提出了一些新的土壤类型，如草甸土、褐土、黄棕壤、棕色针叶林土、黑土、白浆土、黑垆土、灰棕荒漠土、龟裂土、砖红壤、砖红壤性红壤与山地草甸土等。

第二阶段（1958～1978）。1958年在全国范围内开展了以耕地为主的土壤普查。各地土壤工作者广泛总结了农民群众土壤分类命名和土地利用的经验，尤其重视长期耕种下形成的一些土壤。由于对耕种土壤的特别注意，在讨论土壤分类时，有的学者强调人为因素在形成耕种土壤过程中作用的特殊性，提出耕种土壤已不同于自然土壤的发生规律，将土壤分为自然土壤和耕种土壤两个独立的分类系统；有的学者认为，耕种土壤与自然土壤形成作用具有同一性，主张仅在低级分类单元中分开；但更多的土壤学者认为，两者既有共性又有特殊性，属于一个统一的分类系统，对耕种土壤应根据其实际发育阶段的不同情况，归入相应级别。此争论持续多年。1963年中国土壤学会在1956年土壤分类系统的基础上进行充实、补充和修改，提出《暂行中国土壤分类》；1964年农业部全国农业土壤普查办公室，根据第一次全国土壤普查成果，首次对耕种土壤进行了详细划分，出版了《中国农业土壤志（初稿）》。“文化大革命”期间，中国土壤分类研究基本停滞了10年。1978年中国土壤学会召开的第一次土壤分类会议上，大家集思广益，建立了一个统一的 《中国土壤分类暂行草案》，结束了长达20年的耕种土壤和“自然土壤”之争。把土壤分类和中国实际进一步结合起来，充实了水稻土的分类，明确了潮土、灌淤土和绿洲土等独立的分类地位，推动了人为活动影响下的土壤类型研究。在此期间通过对青藏高原的考察，揭示了青藏高原土壤形成的幼年性和多元发生性等特点，从而丰富和发展了高山土壤分类；同时，通过对中国南海诸岛的考察，剖析了成土作用中的积盐和脱盐过程、有机质积累和分解过程，特别是磷的富集和运移过程，提出了磷质石灰土等一些新的类型。

第三阶段（1978～ ）。中国改革开放之初，召开了“国际水稻土讨论会议”（1980）和“国际红壤讨论会”（1983），并出版了《中国红壤》一书，深入讨论了红壤形成中的生物富集和脱硅富铝化过程。随着国际交往的增加，美国土壤系统分类和联合国世界土壤图图例单元传入中国。虽然此阶段中国土壤分类仍为发生学土壤分类体系，但已开始吸取国外先进经验，如熊毅和李庆逵主编的《中国土壤》（第二版）中列出了铁铝土、淋溶土、水成土、盐碱土和岩成土等土纲。1978年开始开展了全国第二次土壤普查，全国第二次土壤普查办公室在中国土壤学会1978年土壤分类基础上，草拟了《中国土壤分类系统》（1984）。最终的土壤分类系统，反映在全国第二次土壤普查办公室编辑出版的《中国土壤》和《中国土种志》等专著中。从整体上看，此阶段的土壤分类原则与方法基本沿用土壤发生学分类体系。

《中国土壤分类系统》分类单元从上至下采用土纲、亚纲、土类、亚类、土属、土种、变种七级分类系统，其中土纲、亚纲、土类、亚类属高级分类单元，土属为中级分类单元，土种为基层分类的基本单元，以土类、土种最为重要。各级分类单元的划分依据是：

土纲。为最高级土壤分类级别。是土壤重大属性的差异和土类属性共性的归纳和概括，反映了土壤不同发育阶段中，土壤物质移动累积所引起的重大属性的差异。全国共分12个土纲。

亚纲。在同一土纲中，根据土壤形成的水热条件和岩性或盐碱类型的重大差异来划分。一般地带性土纲可按水热条件来划分；而初育土纲则按其岩性特征进一步划分为土质初育土和石质初育土亚纲。

土类。土壤高级分类的基本单元。在成土条件、成土过程、土壤剖面形态和土壤属性（理化及生物特性）方面有独特特征的土壤单元。土类与土类之间在上述各个方面有质的差异。

亚类。土类的续分单元。在土类范畴内土壤之间的过渡类型。

土属。土壤分类单元中的过渡性划分单元。有承上启下的意义。主要根据母质、水文等地方性因素的差异进行划分。

土种。土壤基层分类的基本单元。它处于一定的景观部位，是土壤剖面形态特征在数量上基本一致的一组土壤实体。

亚种。或称变种。土种的续分单元。主要根据土壤表层的质地变化、有机质的累积或耗损的程度，或底土有无特殊土层等状况划分。

中国土壤分类系统采用连续命名与分段命名相结合的方法。土纲和亚纲为一段，以土纲名称为基本词根，加形容词或副词前缀，构成亚纲名称，即亚纲名称是连续命名，如钙层土土纲中的半干旱温钙层土，含有土纲与亚纲名称。土类和亚类又成一段，以土类名称为基本词根，加形容词或副词前缀，构成亚类名称，如淋溶褐土、石灰性褐土、潮褐土。而土属名称不能自成一段，多与土类、亚类连用，如黄土状石灰性褐土是典型的连续命名法。土种和变种也不能自成一段，必须与土类、亚类、土属连用，如黏壤质（变种）厚层黄土性草甸黑土，但各地命名方法情况有所差别。

中国积累的土壤资料以全国第二次土壤普查成果为主，因此，土壤发生学分类体系对中国的影响较为深刻，截至2020年仍在沿用。受土壤发生学分类指导思想和分类方法的制约，其不足之处日益显现。中国土壤发生学分类系统与其他国家类似的分类一样，同样存在诸多缺陷。此分类体制虽然在理论上强调成土条件-成土过程-土壤属性三者的统一，但在实际应用中更注重成土条件和推测的成土过程，常常忽略土壤本身的性质。虽然随着土壤调查研究的深入，土壤划分越来越详细；但以生物气候和成土作用为分类依据的土壤高级分类单元，可包容不同发育阶段的土壤类型。因此，中国土壤发生学分类重视高级分类单元，而对基层分类单元研究不够，基层分类单元（土属和土种）依附于高级分类单元（土类和亚类），基层分类单元常因高级分类单元的修改而变动，众多土属、土种不稳定。特别是，中国土壤发生学分类重视中心概念，而忽视边界定义，由于缺乏明确的划分标准，对于同一土壤，常常会出现模棱两可的土壤类型。

由于存在上述缺陷，在标准化、定量化、国际化的国际土壤分类发展背景下，发生学土壤分类体系存在的问题凸显出来，逐渐被基于土壤本身特性、以具有定量标准的土壤系统分类（以土壤诊断层和诊断特性作为分类依据）所替代。由于土壤发生学分类体系对中国的影响较为深刻，其应用的惯性仍将持续一段时间。