粗钨酸钠溶液的净化工序主要包括杂质磷、砷、硅的除去和杂质钼的除去。

传统的化学法除磷、砷、硅先采用中和水解法除硅，将粗钨酸钠溶液pH调至8～9，硅以偏硅酸沉淀析出除去；除硅后的溶液采用铵镁盐或镁盐法除磷和砷，控制溶液条件，加入Mg²⁺，使磷和砷等形成难溶的镁盐沉淀，或有NH₄⁺存在时，形成难溶的铵镁盐沉淀。经过这些工序后，溶液中磷、砷、硅杂质含量可达到后续工艺要求。但是由于化学沉淀法工序复杂，钨回收率低，逐渐被弃用。主流的粗钨酸钠溶液净化工艺为离子交换法，可以在除去磷、砷、硅的同时实现钨酸钠溶液转型为钨酸铵溶液，极大地简化了净化工序。

经典的化学法除钼是基于钼酸根被硫化成硫代钼酸根，并在pH为2.5～3时能转化为MoS₃沉淀，达到除去钼的目的。尽管经典除钼法效果明显，但是此过程会产生H₂S有毒气体，同时会造成较大的钨损。针对此问题，中国开发了选择性沉淀法除钼技术，能高效地实现钨酸盐溶液中钼的除去。但随着优质钨矿物资源的不断消耗，复杂低品位的钨矿正逐渐被利用，杂质的含量不断升高，如杂质钼的含量远超传统钨矿资源中钼的含量，有些甚至超过钨含量的10%；同时一些在传统净化过程中出现不常见的杂质，如杂质锡和钒等。钨矿资源的变化对粗钨酸钠溶液的净化工艺提出了新的要求。针对这种情况，研究者们正在开发粗钨酸钠溶液中宏量钼的净化除去方法，如利用过渡金属能选择性沉淀钨的特性，实现宏量钼的分离净化。另外，借鉴海洋化学元素迁移理论，采用过渡金属水合氧化物能深度吸附净化新出现的杂质锡和钒。