相对于基础病理而言，临床病理学更多的是从活体通过钳取、切取，或切除部分或全部病变组织，固定染色后，在显微镜下进行病理诊断，必要时还可在手术进行中做冷冻切片快速诊断，为临床选择手术治疗方案提供重要依据。在疾病治疗过程中，定期活检可动态了解病变的发展和判断疗效。还可利用获取的组织进行免疫组织化学染色、电镜观察、基因检测和组织培养等，对疾病发生的原因、发病机制，以及疾病过程中患病机体的形态结构、功能代谢改变与疾病的转归进行进一步的研究。尽管现在各种影像学技术飞速发展，但是临床病理诊断仍然是许多疾病，特别是肿瘤性疾病诊断最为可靠的方法，被喻为最终诊断或诸多诊断的“金标准”。