萎缩时细胞合成代谢降低，能量需求减少，原有功能下降。组织与器官的萎缩，除了实质细胞内物质丧失而致体积缩小外，还可以伴有实质细胞数量的减少。组织器官的未曾发育或发育不全不属于萎缩范畴。

萎缩分为生理性萎缩和病理性萎缩两类：前者见于胸腺青春期萎缩和生殖系统中卵巢、子宫及睾丸的更年期后萎缩等。大部分生理性萎缩时，细胞数量减少是通过细胞凋亡实现的。

因营养不良引起的全身或局部萎缩，组织与器官长期受压所致的压迫性萎缩，器官组织长期工作负荷减少和功能代谢低下所致的失用性萎缩，运动神经元或轴突损害引起效应器去神经性萎缩，内分泌腺功能下降引起靶器官细胞萎缩及老化和损伤引起的萎缩，均属病理性萎缩。

萎缩的细胞、组织和器官，体积减小、重量减轻、色泽变深。心肌细胞和肝细胞等萎缩细胞胞质内可出现脂褐素颗粒，脂褐素是细胞内未被彻底消化的富含磷脂的膜包被细胞器残体。萎缩细胞蛋白质合成减少、分解增加，细胞器大量退化。萎缩的细胞、组织和器官功能大多下降，并通过减少细胞体积、数量和降低功能代谢，使之与营养、激素、生长因子的刺激及神经递质的调节之间达成了新的平衡。去除病因后，轻度病理性萎缩的细胞有可能恢复常态，但持续性萎缩的细胞最终会死亡。