土壤团粒内有毛细管和非毛细管孔隙，具有多孔性、水稳性和机械稳定性，故而在具有团粒结构的土壤中孔隙大小分布合理，因此具有良好的保水、保肥和透气的能力。团粒结构土壤一般颜色较黑，含有大量粒径为3～7毫米的结构体，这些结构体具有球状或不规则状表面。影响土壤团粒结构的因素很多，比如在黑钙土上，砂粒过渡积累会导致平衡状态失调，使团粒结构破坏；在碱土上，团粒结构会逐渐转变成块状或柱状结构，土粒变得越来越紧实，使表面呈明亮的棱角状。土壤团粒结构与有机质含量有密切的关系。

当土壤由黑色变为棕色时，有机质含量降低，团粒结构体内部胶结物质减少，团粒结构变得松散，容易遭到破坏。例如中国东北的黑土地，典型的黑土地有机质含量很高，具有明显的团粒结构。但随着长期的集约化耕作模式和有机物质投入量的减少，有机质逐年降低，颜色变浅，土壤团粒结构遭到破坏。这些变化是导致一些东北黑土农田粮食亩产降低的主要原因之一。