面源污染具有强烈的水文依附特征、污染源的异源同汇特征和污染过程的同源异途特征，凸显了集水区水文过程的相互联系和交叉重叠等自然现象，同时还强烈受制于污染源排放和处理的人类社会活动和经济技术条件。而小流域不仅是独立的水文单元，并且具有相对一致的社会经济状况。

以小流域为单元进行上下游、左右岸的面源污染各个过程的综合研究和治理，更有利于协调整个集水区的环境保护和社会经济发展的总体目标。大流域和省、市、县等大区域的面源污染研究，只能提供大范围面源污染问题的总体概念和平均状况，无法对面源污染的控制和管理提出具体的措施；而点位和田间尺度的研究，只是分析了面源污染的源强，因为点位或田间尺度的养分流失，还远没有汇流入水，汇流过程污染物降解和多源重叠问题也很难鉴别。因此，以小流域或集水区为单元进行面源污染的研究和治理，更符合面源污染的过程特征，也更有利于面源污染的综合治理。