根据1969年和1986年《维也纳条约法公约》第30条“关于同一事项先后所订条约之适用”的规定，条约冲突的处理办法依次是：《联合国宪章》的义务优先、依照条约自身的规定处理和根据具体情况采取相应的处理办法。

《联合国宪章》第103条规定：“联合国会员国在本宪章下之义务与其依任何其他国际协定所负之义务有冲突时，其在本宪章下之义务应居优先。”该条规定明确了宪章义务优先于其他条约的义务，使《联合国宪章》的义务在国际条约体系中居于最高的法律地位。条约冲突的其他处理规则，都以不违反《联合国宪章》第103条为限。

理论层面，在先订条约有效的情况下，当事国不应当缔结与其冲突的条约。这是条约必须遵守原则的要求。但由于国际关系的现实千变万化，缔结新条约往往需要国家或国际组织缔结与先订条约义务不符的新条约。为解决适用上的冲突，一项条约可以规定其与先订条约或后订条约或同时规定其与先、后所订条约的关系。遇条约订明须不违反先订或后订条约或不得视为与先订或后订条约不合时，该先订或后订条约之规定应居优先。例如，1957年《欧洲引渡公约》第28条第1款规定，对于适用该公约的国家，该公约应取代任何两个缔约国之间的有关引渡的条约、公约或协议的规定。该条第2款规定，缔约国之间可以仅为补充该公约的规定或便于该公约所包含原则的适用目的而缔结双边或多边协议。该条规定表明，该公约在缔约国之间优于先订和后订条约。

在条约本身没有关于适用冲突的处理办法的情况下，1969年《维也纳条约法公约》规定：①在先订条约全体当事国亦为后订条约当事国，并且先订条约不终止或不停止施行的情况下，先订条约仅于其规定与后订条约规定相合之范围内适用之。②后订条约之当事国不包括先订条约之全体当事国的情况有两种：（a）在同为两条约之当事国间，先订条约仅于其规定与后订条约规定相合之范围内适用。（b）在同为两项条约的当事国与仅为其中一项条约的当事国间，彼此之权利与义务依两国均为当事国之条约确定之。