原籍安徽寿县。生于香港。自幼学习京剧，毕业于香港东方戏剧学校。曾学习7年北派武术，17岁任龙虎武师，20岁在电视台任武术指导。曾在其父亲程刚导演的《十四女英豪》（1972）中任副武术指导。

1979年，程小东与罗马、侯朝声共同执导了香港动作电影《出笼马骝》。1980年与导演徐克合作，任影片《第一类型危险》的武术指导。1983年，首次独立执导了武侠电影《生死决》。1986年导演了恐怖动作片《奇缘》，获第6届香港电影金像奖最佳动作指导奖。1987年导演了古装爱情片《倩女幽魂》，获第7届香港电影金像奖最佳美术指导奖和最佳音乐奖，第24届台湾电影金马奖最佳男配角奖、最佳改编剧本奖、最佳剪辑奖、最佳服装设计奖，第16届法国国际科幻电影节评判团特别奖。1989年导演了《古今大战秦俑情》，获西班牙科幻影展最佳电影技巧奖、法国巴黎奇情动作电影展最受欢迎影片奖。1991年任《笑傲江湖2》的导演兼动作指导。1992年任《新龙门客栈》的武术指导，获第29届台湾电影金马奖最佳武术指导奖。随后相继在《鹿鼎记Ⅱ：神龙教》（1992）、《东方三侠》（1993）、《冒险王》（1996）等影片中任动作指导。2001年，任《少林足球》动作指导，获第38届台湾电影金马奖最佳动作设计奖。2002年，任《英雄》动作指导，获第22届香港电影金像奖最佳动作指导奖。之后相继在《满城尽带黄金甲》（2006）、《投名状》（2007）、《江山美人》（2008，兼导演）、《追捕》（2009，电视剧）、《未来警察》（2010）等作品中任武术动作指导。2008年任北京奥运会开幕式空中特技总导演。2011年执导了魔幻爱情片《白蛇传说》，获第31届香港电影金像奖最佳动作指导奖、第2届纽约中国电影节亚洲最杰出导演奖、西班牙西切斯电影节最佳贡献奖。

程小东酷爱中国武术，其动作设计擅长唯美浪漫的武侠风格，具有北派大开大合的磅礴气势，动作场面宏大，是香港动作片导演的代表人物。