出生于四川成都，祖籍四川新繁。卒于成都。1891年师从吴伯朅学习诗文。1898年戊戌变法后兼求新学。1905年入日本东京法政大学学习法政之学，开始批判儒家。1907年回国后，任成都县中学堂、嘉定府中学堂教习等职，对儒家公开抨击。1910～1911年间，吴虞与父对簿公堂，受四川教育总会会长徐炯、四川总督王人文等的攻击，后因辛亥革命的成功才重获自由。

吴虞先后担任《西成报》总编辑、《政进报》主笔、《公论日报》主笔、《法政》杂志名誉主笔等。1917年在《新青年》上先后发表了《家族制度为专制主义之根据论》《读〈荀子〉书后》《消极革命之老庄》《礼论》《儒家主张阶级制度之害》《儒家大同之义本于老子说》等反孔非儒的系列文章。1919年，吴虞为呼应鲁迅的《狂人日记》，在《新青年》上发表了《吃人与礼教》一文，社会影响进一步扩大。1921年被北京大学聘为教授，同时还在北京师范大学等处任教。1925年返川。1926～1933年先后任教于成都大学、中法大学成都分院、国立四川大学等。晚年继续反孔，关心时事政治，但更醉心佛学。1949年4月逝世于成都。

吴虞生前著述较丰，早年以诗赋为主，辛亥后则以论文为主。其著作有《吴虞文录》（亚东图书馆1921.10初版）、《吴虞文续录·别录》（成都美信印书局1933.6初版）、《秋水集》等，其中最负盛名者为《吴虞文录》。另外还编撰有《国文撰录》《骈文读本》《宋元学案粹语》等。吴虞著述最重要的整理本为《吴虞集》和《吴虞日记》（上、下）。