生物多样性是地球生命的基础，但由于全球气候变化、生境丧失和破碎化、外来入侵物种和乱捕滥猎等多种原因，生物多样性遭到严重破坏。与此同时，随着生物技术的不断发展，人类得以对宝贵而稀缺的遗传资源不断挖掘、利用，遗传资源的社会经济伦理和文化价值与日俱增。发达国家及其跨国公司以在发展中国家无偿获取的遗传资源为生物原料，通过先进的生物技术开发、培育生物产品，再通过知识产权制度，对其生物产品提供生物药品专利、生物方法专利、植物专利、动物专利等知识产权保护。拥有和提供丰富遗传资源的发展中国家不但没有从中受益，在引进相关技术成果时，反而要付出高昂的代价。遗传资源的丰富程度与利用能力成反比，加之知识产权具有垄断性，资源拥有者与利用者之间自然产生矛盾。

《生物多样性公约》是第一个确立遗传资源归属于国家主权的国际性公约，目标是保护、持续利用生物多样性以及公平合理分享由利用遗传资源而产生的惠益；注重对发展中国家和最不发达国家的利益保护，明确反对“遗传资源是全人类的共同遗产”这一说法，确定了遗传资源的提供国有权从其遗传资源中获取利益；确定了基因遗传资源的知识产权利用和惠益分配的基本原则：遗传资源国家主权原则、便利利用原则、利益按约定公平分配原则和公约独立性原则。公约在反对基因遗传资源生物海盗行为的同时，也反对将基因遗传资源的管制警察化，即基因遗传资源既是属于国家的，又是属于人类的，知识产权属于技术创造者，但也要尊重来源国的主权与贡献。公约承认知识产权的有效性和积极作用，但要求在知识产权利用分配的问题上进行利益衡量、友好协商，以促进生物多样性的有效利用和可持续发展。

发达国家起初并不想让《生物多样性公约》充当基因遗传资源知识产权利益分配的国际法律机制，但经过发展中国家的斗争以及发达国家的内部协调，《生物多样性公约》还是发挥了相当大的作用，成为《与贸易有关的知识产权协定》以后在基因遗传资源知识产权利用领域的准据法文件，并且得到越来越多国家的认可。以公约为基础，国际上在处理基因遗传资源知识产权利用方面形成了与《与贸易有关的知识产权协定》体系相对应的生物多样性公约体系，其中包括《粮食与农业植物遗传资源国际条约》《卡塔赫纳生物安全议定书》《关于获取遗传资源并公正和公平分享通过其利用所产生惠益的波恩准则》《多哈宣言》的有关条款等，都是《生物多样性公约》的贯彻实施。

《生物多样性公约》关于知识产权规定的实施并不顺利。一方面，因为基因遗传资源的稀缺性以及对知识产权的至关重要性，所以各国拼力争夺；另一方面，发达国家与发展中国家技术能力悬殊和资源多寡差距同在，如何协调发展中国家拥护的《生物多样性公约》与发达国家主导的《与贸易有关的知识产权协定》之间的冲突，成为国际社会面临的重大问题之一。