制定的原则为综合考虑社会、经济、技术发展水平、环境保护需求、国家环境政策等因素，为防止和控制海水污染，保护海洋生态系统和人体健康，有利于海洋资源的可持续利用。它是海洋环境保护法规的执法依据之一，是判断海水是否受到污染的尺度，也是进行海洋环境质量评价、制定污染物排海标准和实施规划管理的依据。

海水水质标准是以海水水质基准为基础，是海水水质基准的科学性与海洋管理的功能性之间的纽带，是社会经济与自然环境相互妥协的结果。海水水质标准是一多值体系：不同的海洋功能区，适用不同的海水水质标准；同时，海水水质标准也需随着国家环境政策的变动和经济技术的发展而变化。虽然世界各国有关海水水质标准概念、制定原则、方法和科学依据，以及形式和内容方面均有较大差异，但其目的都是为了保护生态平衡和人体健康。

一般认为，制定海水水质标准应分为两个阶段：①在现有的实验研究和现场调查基础上，以各种水质要素（包括污染物）对靶系统（人体、生态系统或生物资源等）影响的剂量与效应定量因果关系为主要依据，通过经验性的“评价因子定值法”及基于数理理论支持的“模型外推定值法”等方法，先行评定海水水质基准。②以海水水质基准为基础，结合考虑制定保护海域的自然条件和社会条件，以代价与效益或代价与分析结果为主要依据，弥合基准与标准间时间上的异同，考虑空间环境功能因素的差异，纳入社会经济的考量，再行制定海水水质标准。“基准”和“标准”是两个不能混淆的相关概念。“基准”是决定和判断有关环境是否适用于预期用途的科学依据，本身无法律约束力；“标准”在特定水域或污水排放方面具有法律效力，一经发布实施即应强制执行。

《中华人民共和国海水水质标准》于1982年4月6日发布，并于同年8月1日起实施，适用于中华人民共和国管辖的海域。1997年进行了修订，修订后的《海水水质标准》（GB 3097—1997）于1998年7月1日起实施，并代替原标准。修订后的标准将海水水质由三类改为四类，补充和调整了污染物项目，增加了海水水质监测样品的采集、储存、运输和预处理的规定，增加了海水水质的分析方法。标准还规定了各类海域使用功能的水质要求。按照海域的不同使用功能和保护目标，海水水质分为四类：第一类适用于海洋渔业水域，海上自然保护区和珍稀濒危海洋生物保护区。第二类适用于水产养殖区，海水浴场，人体直接接触海水的海上运动或娱乐区，以及与人类食用直接有关的工业用水区。第三类适用于一般工业用水区，滨海风景旅游区。第四类适用于海洋港口水域，海洋开发作业区。该标准对漂浮物质、色、嗅、味、悬浮物质、大肠菌群、粪大肠菌群、病原体、水温、酸碱度（pH）、溶解氧、化学需氧量、无机氮、活性磷酸盐、生化需氧量、非离子氨、汞、镉、铅、六价铬、总铬、砷、铜、锌、硒、镍、氰化物、硫化物、挥发性酚、石油类、六六六、滴滴涕、马拉硫磷、甲基对硫磷、苯并[a]芘、阴离子表面活性剂（以直链烷基苯磺酸钠linear alkylbenzene sulfonates; LAS计算）、放射性核素等三十几项水质要素按上述四种水质类型分别作出具体规定。并规定污水集中排放形成的混合区，不得影响邻近功能区的水质和鱼类洄游通道。