目标是在促进物质良性循环的前提下，充分发挥鱼礁生态系统的资源生产潜力和环境修复功能，达到经济效益和生态效益同步发展。

在实际应用过程中，鱼礁生态工程遵循一系列生态学原理，包括生态位原理、限制因子原理、食物网原理、整体效应原理、生物与环境协同进化原理等。同时，其工程设计需符合一定的原则，包括高效复合生态系统原则、因地因时制宜原则、人工合理调控与技术集成相结合原则、种群匹配和置换原则、整体协调再生循环原则等。

鱼礁生态工程是以改善海洋环境、增加人工鱼礁区渔获物的产量为主要目标的生态工程。与设计其他环境生态工程不同的是，鱼礁生态工程需在考虑环境效益的基础上，考虑其具有良好的经济效益，使系统在经济收支方面至少达到平衡。

鱼礁生态工程的主要目的是改善海洋环境、提高渔获产量。因此效益的标准有3个方面：渔获物数量、渔获物换算成的经济效价、海洋环境改善效果。鱼礁生态工程的环境效益主要体现在水流环境、底质及地形环境、光照环境、声音环境、味环境等非生物环境的调节以及附着生物、浮游生物、底栖生物、游泳生物等生物环境的改善，鱼礁区水质环境得到一定优化，生物量增加，从而使环境生态效益显著。其经济效益则体现在生物量及渔获产量的增加所获得的收益，以及发展休闲垂钓、观光旅游等第三产业的附加值收益。

保证科学性的前提是正确的生态数量化及生态定量工作。由于生态工程追求的多目标、高效益和无公害，所以必须进行严谨的科学设计。无论是为哪一种目的所设计的工艺流程，都要系统分析该工艺流程的能量流动、物质流动等过程。这些分析都是在工艺流程实施之前完成的。

从生态学观点看，能量流动和物质循环是每一个生态系统最基本的功能。鱼礁生态工程的能量分析就是对生态系统中的各种能量流加以确定和计算，并对各种能量流之间的相互关系进行分析，进而从能量角度对该系统的基本特征做出评价。

①确定分析对象的边界和组成部分。由于能量分析是生态工程水准及效益评价的基础，所以多数生态工程都要完成这一步骤，鱼礁生态系统也不例外。②确定系统主要成分间的相互关系，画出能流图。不同的研究对象，其系统结构的成分也不同。利用能流图可清楚地表示鱼礁生态系统多成分之间的相互关系。③确定输入和输出量。生态工程系统中的所有能量流动，都是以该系统中各组分或亚系统的能量输入或输出形式出现的。因此，为确定能流量，必须先确定各亚系统的实际输入和输出量。

只有将各种不同的输入和输出的实际流量转换成以能量单位表示的能流量，才能进行系统的能量分析。由于所涉及的各种实际流量计量种类繁多，必须根据不同类型的流量特征采取相应的转换方法。

工业能与生物质能不同，因为生物质本身就贮存着化学能，容易确定其热值。工业能的测定则较为复杂，如由一些钢铁材料制成机具，虽原材料本身并不含任何热值，但产生这些机具的过程中却要投入能量。在计算这些机具的能量时，需将生产这一机具过程中所投入的各种能量相加，其总和即为此工业品所包含的能量值。

机械所含能量包括：①原材料所含能量。②原材料加工成机械所需能量。③机械使用期间所需的修理配件和材料所含能量。