蓝藻毒素化学性质比较稳定，耐高温和酸碱。分子量差异巨大，从几百到数千不等，且多数具有10余种至近百种同系物，毒性大小不一，已报道毒性较大的依次有石房蛤毒素、鱼腥藻毒素、微囊藻毒素和节球藻毒素（腹腔注射）。

蓝藻毒素根据化学结构，蓝藻毒素可分为3类：环肽^[注]、生物碱^[注]和脂多糖内毒素^[注]。根据毒性效应，则可分为五类：具有肝毒性的环肽毒素——微囊藻毒素^[注]和节球藻毒素^[注]；具有神经毒性的生物碱毒素——类毒素^[注]和石房蛤毒素^[注]；具有细胞毒性的生物碱毒素——拟柱胞藻毒素^[注]；具有皮炎毒性的生物碱毒素——海兔毒素^[注]和鞘丝藻毒素^[注]；具有刺激性的毒素——脂多糖^[注]；其他生物活性物质。

蓝藻毒素致毒机制主要有三种方式：①抑制蛋白磷酸酶活性。如微囊藻毒素和节球藻毒素，诱导产生肝中毒症状。②抑制乙酰胆碱酯酶、堵塞钠离子通道或结合氨基酸受体。如鱼腥藻毒素、石房蛤毒素和β-N-甲氨基-L-丙氨酸，导致生物出现无力、麻痹等神经中毒症状。③激活蛋白激酶。如海兔毒素和鞘丝藻毒素，造成生物肿瘤生成和皮肤不适。

蓝藻毒素共五类检测方法。①生物法。包括小鼠（腹腔注射）生物法和微生物法。②生化分析法。主要有酶活性抑制和比色法。③细胞测试法。主要采用肝细胞、纤维细胞或血细胞。④免疫法。有酶联免疫、免疫-色谱法、化学发光免疫和生物传感器法。⑤色谱分析法。包括薄层色谱、液相色谱、液质联用法、气相色谱和气质联用法。此外，毛细管电泳和叶绿素荧光生物测定也被用于蓝藻毒素的分析测定。

水体是蓝藻毒素影响人类健康最主要的途径，世界卫生组织对饮用水中的微囊藻毒素限量标准为1微克/升。鱼、虾、蟹、螺和蚌等水产品污染是蓝藻毒素危害消费者健康的另一主要因素。欧美地区海产品风险性较高，而中国及亚洲地区淡水水产品则风险性较高。