水产品食源性病毒主要包括诺如病毒、甲型肝炎病毒、轮状病毒和星状病毒等。在世界范围内，水产品食源性病毒是影响贝类质量安全的重要因素，也是世界各国尤其是发达国家和地区重点监控的质量安全风险因子。以牡蛎、贻贝为代表的双壳贝类，多属于固着型贝类，一般固着于浅海物体或海边礁石上，以开闭贝壳运动进行摄食，为滤食性生物，以细小的浮游动物、硅藻和有机碎屑等为主要食料。而贝类在滤食的同时，也将受生活污水污染的水体中的病毒富集到体内，并且可在贝类体内存活较长的时间，研究表明，贝类富集的病毒浓度可以达其周围水体中病毒浓度的100～1000倍。常规贝类净化技术对食源性病毒的消减效果远远低于食源性细菌。生食或食用加热不彻底的受污染贝类往往会引起食源性疾病的散发甚至大流行。因此，在贝类受污染情况不明时，彻底加热后食用，可阻断水产品食源性病毒的感染途径。

1972年美国俄亥俄州的急性胃肠炎疫情中收集并发现了此病毒。是世界范围内导致不同年龄阶段人群急性病毒性腹泻的主要病原体之一。中国在1995年确定存在诺如病毒的感染。属于杯状病毒科诺如病毒属。分为GI、GII、GIII、GIV与GV等5个基因组（Genegroup），感染人的有GI、GII和GIV；GI诺如病毒主要引起临床急性胃肠炎散发病例，引起疫情暴发流行的主要是GII诺如病毒。GI又分为14个基因型，GII分为17个基因型，诺如病毒粒子直径为27～38纳米，呈T=3的二十面体对称结构，无囊膜，对有机溶剂不敏感，对乙醚、氯仿等都具有抵抗力，在氯化铯溶液的浮力密度为1.39～1.40克/厘米³，在环境中的稳定性很强，可以持续存活数天乃至数周。诺如病毒可以通过污染的水源、食物、水产品（如贝类等）、空气等传播。研究表明，牡蛎等贝类体内存在诺如病毒的“受体”，可以特异性富集诺如病毒。食用加热不彻底的受污染贝类是引起诺如病毒感染的重要原因之一。诺如病毒感染以恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头痛为特征，也有发烧与肌肉酸痛的症状，属于自限性疾病。截至2019年诺如病毒尚无商业化疫苗可供。

1973年通过免疫电镜技术在急性期患者的粪便中发现该病毒。属微小RNA病毒科，新型肠道病毒72型。基因组为单股正链RNA。病毒呈球形，直径约为27纳米。无囊膜。衣壳由60个壳微粒组成，呈二十面体立体对称。只有1种血清型，故制备的疫苗和诊断试剂可以世界通用。通过污染水源、食物、水产品（如贝类等）、食具等的传播可造成散发性流行或大流行，如1988年中国上海出现因生食、半生食受污染的毛蚶而引发的甲型肝炎大流行。感染甲型肝炎病毒大多表现为亚临床或隐性感染，仅少数人表现为急性甲型肝炎。一般可完全恢复，不转为慢性肝炎，亦无慢性携带者。病毒抵抗力较强，100℃煮沸5分钟、紫外线、福尔马林及漂白粉等含氯消毒剂，可将其杀灭。接种疫苗可有效防止甲肝病毒感染。

于1973年由澳大利亚的R.F.毕晓普^[注]和英国的T.H.弗莱维特^[注]发现。因其形态像车轮而命名为轮状病毒，是导致婴幼儿病毒性腹泻的主要病原体，属于RNA病毒。呼吸道肠道孤儿病毒科轮状病毒属。无包膜，多蛋白外壳，基因组为分11节段的双链RNA。轮状病毒根据抗原性分为A、B、C、D、E、F、G、H组，其中A、B、C组可感染人类。截至2019年，绝大部分感染由A组轮状病毒引起，B组轮状病毒与成年人中急性腹泻的年度流行有关。A组又分为两个亚组和4个血清型。中国在1978年北京秋季婴幼儿胃肠炎患者的排泄物中首次发现轮状病毒，1979年确定为“秋季腹泻”的主要病原。可通过如下技术进行检测：①电镜观察。检出粪便中车轮状病毒颗粒，即可确诊。②免疫学实验。如乳胶凝集实验、酶联免疫吸附实验，以特异性单克隆抗体检查粪便中病毒抗原，可区别A组或B组病毒感染。检查血清中特异性IgG和IgA抗体，抗体滴度有4倍以上升高者有诊断意义。③分子生物学实验。如用核酸杂交、逆转录聚合酶链式反应、实时荧光定量等监测粪便中病毒核酸。也可用核酸聚丙烯酰胺凝胶电泳或琼脂糖电泳图谱等分子分型技术，鉴别不同病毒的核酸类型。受污染的食品、贝类等水产品由于病毒含量低，主要采用分子生物学方法进行检测。已研制出轮状病毒疫苗，可有效预防轮状病毒感染。

1975年发现。病毒颗粒表面有5～6个星状突起，因此被命名为星状病毒。属于星状病毒科哺乳动物星状病毒属。单股正链RNA病毒。病毒颗粒直径为28～41纳米，为二十面体结构。根据ORF25ˊ端或3ˊ端核苷酸的可变性，人星状病毒可分为与血清型相对应的8个基因型。世界范围内广泛流行的HAstVlfll血清型主要是1型，已证实人星状病毒是婴幼儿、老年人、免疫功能低下或缺失者急性腹泻的重要病原之一，既可引起散发和医源性感染，也能形成暴发。临床表现一般较轻，腹泻持续2～3日，水样便，部分病人有呕吐。此病毒粒子稳定性较强，pH为3的酸性环境、去污剂（阳离子、阴离子和两性离子）、脂溶剂（如氯仿等）以及50～60℃加热5～10分钟等处理均不能使该病毒失活；浓度为90%的乙醇、0.3%的甲醛、0.1%的丙内酯能灭活星状病毒。