中国的水产养殖病害防治体系主体以农业农村部渔业渔政管理局为主管部门。挂靠全国水产技术推广总站，以推广体系为主体。相关研究单位提供水产病害防治技术支持。

20世纪60～70年代，中国水产养殖病害防控的组织管理未成体系，主要以研究机构为主体，由科研院所及高等教育院校开展养殖病害理论研究，同时针对养殖中的病害开展防治技术的部分研究，指导生产单位在养殖生产领域开展应用。80年代，水产养殖病害防控体系仍然处于不发达的初始阶段，政府在水产养殖的管理中对疾病开展防控，科研院所和高等教育院校相关水产养殖病害的研究由鱼类开始扩展到虾类和贝类，水产养殖生产上对病害防治工作有了进一步的重视。90年代，政府对水产病害防治体系投入了专项建设资金，依托水产技术推广体系建设了病害防治体系；完善了相关科研院所和高等教育院校的病害研究设施，逐步使病害防治机构多元化、病害管理法制化，水产养殖病害防治体系得以有效推进并初具体系化。现阶段的病害体系具有更多的多元化特点，病害测报和监测工作在依托推广机构建立的水产养殖病害防治体系中的任务更加明确，形成了以水产技术推广机构为主体，充分发挥水产科研、教学、相关企业（第三方实验室、养殖生产单位、药厂、饲料厂）的技术力量。政府主导的病害防治体系通过有机结合并形成合力，以促进中国水产养殖生产的健康发展、维护水生生态系统稳定为目标，坚持“以防为主，防治结合”的方针，建立一支专业化防疫执法队伍，制定和采用科学、简便、高效的水生动物防疫方法和标准，使重大水生动物疫病在中国的发生和流行逐步得到控制、减少以至消灭。

水产养殖病害的管理措施以立法为先导，建立健全技术保障体系、标准体系以及队伍。从法律层面划分政府的职责范围、市场主体责任。法律涵盖了人员、产地、过程（运输）、市场等全过程，其目的是将疫病控制在最小范围内。法律包括动物防疫法、进出境检疫法、渔业法等；法规有动物疫情条例；部门规章有动物疫病名录、进出境检疫名录、产地检疫管理办法、产地防疫条件审核管理办法等；技术保障体系中建立健全检疫检测实验室体系，鼓励和支持企业（动物诊疗机构、养殖企业或药厂或饲料厂、第三方服务机构）建立的疾病诊断实验室。加快疾病诊断方法或标准的制修订工作，在制订过程中尽可能采用国际组织建议的方法或与其等效。队伍包括技术或行政执法队伍、专家队伍和技术服务队伍。