在良种推广中，水产原种也指由水产原、良种场或品种育成单位培育出的纯度较高，且能进一步供繁殖良种使用的基本种子群体，是新品种开始扩繁和推广的最原始的高质量亲本群体。

中国的现代水产养殖业起步于二十世纪的六七十年代，随着淡水“四大家鱼”人工繁育技术的突破和海带、对虾、扇贝和鱼类等海水养殖生物人工苗种的解决，养殖业飞速发展。早期水产养殖所用种苗的繁育亲本主要来源于自然水域的野生群体，如淡水的青鱼、草鱼、鲢和鳙等，以及海水的中国对虾、栉孔扇贝和牙鲆等，这些来自野生的亲体即为原种。另外，像海带、海湾扇贝、罗非鱼等海外引进种，也将其引进后经过多代繁育养殖性状稳定后的核心繁育亲本作为原种。

水产优良品种的培育工作日益受到重视，许多新品种培育成功，如中国对虾“黄海1号”、栉孔扇贝“蓬莱红”、大黄鱼“闽优1号”、半滑舌鳎“鳎优1号”和海带“荣福”等。截至2022年，中国共审定水产新品种266个，这些新品种的原始育种群体和育成的核心亲本群体，也可认定为原种，它们是遗传育种的宝贵种质资源，是种质创新的基础，应开展好保护和保存工作，支撑水产种业的可持续发展。

水产原种场是用来保存、保护和繁育相关物种的原种，并供应养殖业种苗和放流增殖苗种的场所。