渔业环境质量标准是由水环境标准衍生而来的。水环境标准是国家水环境法规的重要组成部分，它直接关系和体现了一个国家的环境管理水平、科学技术发展水平和人民生活健康水准。它包括水环境质量标准、污染物排放标准以及基础和方法标准。美、日、欧等发达国家对水环境标准体系的研究与制定走在世界前列，其他国家多是在其基础上修改、补充和完善作为该国的水环境保护实施标准。1948年，美国国会制定的《联邦水污染控制法》是美国水环境标准。；1972年通过的《清洁水法》改变了过去纯粹以水质标准为依据的管理方法，采用以污染控制技术为基础的排放限值和水质标准相结合的管理方法。日本对水质污染防治立法始于20世纪50年代。第二次世界大战后，日本逐渐进入经济高速增长期，为防止工业废水、废物侵害河流水道，日本政府迅速出台相关法律来治理水污染。1958年制定了《关于保全公共水域水质的法律》和《关于控制工厂排水等的法律》；1970年，将以上两部法律改制定为《水质污染防治法》，该法对控制对象、控制标准和管理措施都有着明确的规定。欧洲共同体成员国在1972年的巴黎峰会上，首次提出了在共同体内部建立共同环境保护政策的框架，为欧共体共同环境政策的形成和发展揭开了序幕。欧盟的环境标准是以指令形式发布、供各国转化为其国内相关法律条文或质量标准时的参考。自1975年发布第一条有关饮用水水源地的第75/1440/EEC号指令以来，欧共体（欧盟）共发布了约20条有关水环境标准的指令，其中有关渔业淡水的第78/659/EEC号指令和有关贝类养殖水质标准的第79/923/EEC号指令规定了渔业养殖用水的质量标准（包括限值和指导值）、抽样次数、监测方法、达标措施和条件；第76/464/EEC号指令对可能排入内陆、海岸和领海的132种具有毒性、持久性和生物蓄积性危险物质和其他污染物作了限值规定。2000年12月发布的水政策行动框架的指令（Directive 2000/60/EC），要求各成员国制定流域管理计划，并提出将环境质量管理和排放管理相结合对污染进行预防和控制，建立一套完整的水环境质量标准和排放标准的“结合方法”。

中国在1979年3月由国家第一次批准发布了《渔业水质标准》，后经修订并于1989年8月经国家环境保护局批准为国家标准GB 11607—89，沿用至今。1982年发布了GB 3097—82《海水水质标准》，1997年对标准中的若干内容修订形成GB 3097—1997《海水水质标准》。又发布GB 3838—88、GHZB 1—1999《地面水环境质量标准》，后修订为GB 3838—2002，2002年6月实施，是地表水环境质量评价中使用最为广泛的标准之一，也是调查处理涉及渔业水域的重要依据标准。2000年以后，中国的渔业环境保护重视度提升，先后发布了GB/T 18407.4—2001《农产品安全质量　无公害水产品产地环境要求》、GB 18668—2002《海洋沉积物质量》、SC/T 9101—2007《淡水池塘养殖水排放要求》、SC/T 9102—2007《渔业生态环境监测规范》、SC/T 9103—2007《海水养殖水排放要求》等一系列规则规范。

渔业环境质量标准的制定是以渔业环境质量基准为基础，渔业环境质量基准是根据污染物质同特定渔业生物之间的剂量反应关系确定，是保护渔业生物健康安全和水生态系统平衡的基本水准。渔业环境质量标准是在一定时间和空间范围内考虑到社会、经济、技术、自然条件等因素，经过综合分析制定的技术法规。中国制定渔业环境质量标准的基本原则首先是科学性，即渔业水域的环境状况应不影响渔业生物及其饵料生物的正常生长、发育和繁殖，对渔业生物不造成急慢性中毒；残毒不超过国家规定的食品卫生标准；不使渔业生物和水体带有异色、异臭、异味，不影响水产品的品质；不影响水体的自净和回复过程；对能在渔业生物体内明显积累对人体健康产生长远影响的有害物质从严要求。其次是全面性，所制定的标准综合考虑到水体、底质、天然水域、养殖水域、海水和内陆水域等诸多方面的环境要求。第三是可行性，既要考虑人类和渔业生物的健康安全、渔业环境保护、社会经济发展，以及国情现状和当前经济技术的可行性，同时也考虑渔业养殖产业对环境污染问题。

渔业环境质量标准是对渔业水体环境各因子所作科学合理性限值规定，在调查、取样、分析、测定、评价等方面都有着相应的规范和标准。分类项目包括《渔业生态环境监测规范》《渔业水质标准》《海水水质标准》《海洋沉积物质量》《海洋生物质量》《地表水环境质量标准》《农产品安全质量　无公害水产品产地环境要求》《无公害食品　海水养殖用水水质》《海水池塘养殖水排放要求》《淡水养殖用水水质》《淡水池塘养殖水排放要求》《渔业污染事故经济损失计算方法》《建设项目对海洋生物资源影响评价技术规程》等13个方面，基本涵盖了水体、底质、天然水域、养殖水域、海洋和内陆水域等诸多涉及渔业方面的环境要求。

《渔业生态环境监测规范》适用于渔业水域生物种类或群体发生障碍、死亡或其他异常现象时对水环境影响要素的鉴定和测定。《渔业水质标准》给出了渔业水体表观状况标准，对与渔业生物生息相关的31项因子作了限值规定。《地表水环境质量标准》依据地表水水域环境功能和保护目标，将地表水环境质量分为五类，不同功能类别分别执行相应类别的标准值，鱼虾类越冬场、洄游通道、水产养殖区等渔业水域，执行Ⅲ类标准值；珍稀水生生物栖息地、鱼虾类产卵场、仔稚幼鱼的索饵场执行Ⅱ类标准值。《海水水质标准》将海水水质分为四类，并规定了各类使用功能的水质要求。其中，海洋渔业水域、海上自然保护区和珍稀濒危海洋生物保护区执行第一类标准；普通水产养殖区及与人类食用直接有关的工业用水区执行第二类标准。《海洋沉积物质量》和《海洋生物质量》规定了海域各类使用功能的沉积物和生物质量要求标准。《海水池塘养殖水排放要求》和《淡水池塘养殖水排放要求》分别规定了海水和淡水池塘养殖水排放的废水排放分级。《渔业污染事故经济损失计算方法》适用于渔业水域受外源污染导致天然渔业资源、渔业养殖生物和渔业生产受损害造成的经济损失评估。《建设项目对海洋生物生物资源影响评价技术规程》规定了海洋海岸工程等建设项目对海洋生物资源影响的现状调查、影响评价、赔偿与补偿计算方法和保护措施。《农产品安全质量　无公害水产品产地环境要求》规定了无公害水产品的产地环境、水质要求和检验方法，适用于无公害水产品的产地环境的评价。

①对现有的各类渔业环境质量标准中的监测项目进行扩充， 包括热污染类、水体富营养化类指标、有机毒性污染物等，以应对渔业污染出现新的污染类型以及对污染物科学认识的提高。②对标准值的设定，应考虑到淡水水生生物和海洋生物对相同污染物耐受性的不同，包括对生物累积性因素的考虑等。③应该提出推荐性的渔业生态环境评价技术导则，用以指导渔业环境评价工作的开展。