渔业环境影响评价主要对象包括天然渔业水域和增养殖渔业水域，重点和敏感保护目标是“三场一通道”，即产卵场、索饵场、越冬场和洄游通道，以及水产种质资源保护区、幼鱼幼虾保护区、主要作业渔场、水产增养殖区，珍稀水生动植物栖息地和特殊生境，如红树林生态系、珊瑚礁生态系、海草床生态系等。

渔业环境影响评价的步骤有：①编制评价大纲和评价方案设计。包括明确评价的主要环境问题、评价范围、评价参数、评价等级、评价标准、环境敏感目标和主要环境保护对象等。②建设工程分析。包括建设工程类型、现场布置、施工方式、运行方式、污染类型、污染源强、生态保护措施等。工程分析时段应涵盖勘察期、施工期、运营期和退役期，以施工期和运营期为调查分析的重点。③渔业环境现状调查和现状评价。现状调查包括周边自然和社会环境调查，如地质地貌、气象特征、水文特征；社会经济状况、功能区划、环境区划等；染源调查，如点源污染、面源污染、水域污染源等；水域环境现状调查，如水质因子、沉积物因子、生物因子。现状调查方法包括资料收集、现场勘查、生态要素监测、遥感调查、专家和公众咨询等。现状评价常用的方法主要有指数法与综合指数法、生物多样性评价法、系统分析法、生态机理分析法、类比分析法等。④渔业环境影响预测评价。根据渔业环境现状资料、工程分析资料、污染源资料、水域功能规划资料等，建立渔业环境水质数学模型，模拟计算和获得水质中各类污染物的变化数值，采用标准指数法进行渔业环境影响预测评价。根据各评价因子的评价指数值对水域环境质量做出评价，阐明超标项目和超标率、超标影响范围和面积、超标范围内渔业环境及渔业生物的污染趋势和损失状况。⑤提出污染防治措施。根据评价结果提出建设项目的布局调整、优化方案、减排措施、施工期和营运期渔业环境监测方案、渔业生态补偿和渔业生态环境修复方案等。

通过对渔业环境多种因素的综合调查与分析，对建设项目可能造成的渔业环境影响进行评价，可明确开发建设者的环境责任及规定应采取的行动，为建设项目的工程设计提出环保要求和建议；还可为环境管理者提供对建设项目实施有效管理的科学依据，有助于加强对渔业生态环境及渔业资源的保护和可持续利用。