人类自从事渔业生产活动以来，就不断对作为其生产对象的经济水生动植物与环境关系进行观察，从而了解水生生物的生长、繁育、洄游分布以及资源数量的规律，以便在开发利用中获得更大的效益。但人类针对环境要素与水生物之间的作用机理、评价环境变化对水生生物资源的影响以及开展趋势预测，所开展的系统的渔业环境调查则开始较晚。

国际上，作为服务于水生生物资源评估的环境调查大致开始于20世纪30年代，比较突出的国家有美国、日本、俄罗斯、英国和挪威。截至2021年，这些国家针对水生生物资源评估所开展的环境调查，不但在服务于渔业生产和水生态保护上发挥了重要作用，而且调查内容更加广泛，从最初的温、盐、流等要素调查，发展到包括气候变化、海洋酸化、栖息地地理变化等综合要素调查。同时，调查技术也得到了较大的发展，从当初利用船载简单设备直接测定温、盐、流等要素，发展到了船舶调查、浮标监测、遥感监测、潜水器调查以及水下实验室观测相结合的调查。

中国于20世纪50年代，开展了针对渤海和黄海北部的渔场环境和内陆湖泊鱼类放流的放流环境调查，60年代开展了与全国海洋综合调查同步的海洋渔业资源调查，70年代开展了长江渔业资源及环境调查，80年代初开展了全国渔业调查与区划，90年代开展了专属经济区和大陆架生物资源补充调查。进入21世纪，中国陆续开展了协定水域渔业资源常规调查、近海鱼类产卵场专项调查、近海生态系统动力学调查研究、近海生态系统食物产出关键过程及其可持续机理调查研究、长江渔业资源与环境调查专项、西藏重点水域渔业资源调查与保护专项、黄河渔业资源与环境调查专项等，以及针对工程建设和污染事故造成渔业资源损害的大量评估工作。渔业环境调查在这些调查研究和评估工作中发挥了重要作用。

中国从20世纪80年代开始，还开展了渔业资源调查技术规范、渔业生态环境监测技术规范、水生生物产卵场调查技术规范、工程建设对渔业资源损失影响评价技术规范等的研究与制定工作，这为科学开展渔业环境调查奠定了基础。同时，通过引进、吸收和创新研发，中国在渔业环境调查技术上，也逐步达到了国际先进水平，调查手段发展到了以船舶调查为主、遥感调查为辅的阶段，某些环境要素还借助相关的海洋浮标、潜水器以及水下实验室获得。

渔业环境调查与水环境调查的相同点在于，二者都要调查研究水环境各因子的分布状况和演变规律，其具体项目的调查方法也基本一致。渔业环境调查与水环境调查主要区别在于，渔业环境调查必须与鱼类等经济水生生物的生长、繁育、洄游分布、资源数量的变动以及开发利用相结合。

渔业环境调查按照调查内容，可分为非生物环境与生物环境调查两大类。非生物环境调查内容主要包括：水温、盐度、水色、透明度、悬浮物（泥沙含量）等物理要素；溶解氧、氢离子浓度（pH）、磷酸盐、硅酸盐、硝酸盐、化学需氧量、生化需氧量、重金属、石油烃类、有机污染物等化学要素；底形、底质（泥、泥沙、砂砾、礁岩、珊瑚礁等）等地理地质要素；以及潮汐、波浪、海流、海面高度、气压、风等海况与气象要素等。生物环境调查内容主要包括微生物、饵料生物（浮游植物、浮游动物、底栖生物和小型鱼类等）、敌害生物、共栖生物、水生植物（如海藻场、红树林）等要素。

渔业环境调查按照调查目的，可分为生态基础调查、渔场环境调查、工程环境影响调查以及环境趋势预测调查4类。生态基础调查，其目的是研究生态系统中环境要素与经济水生动植物的相互作用机制，其调查内容相对较多，几乎可包括所有非生物环境和生物环境要素，在索饵肥育阶段，以饵料生物、敌害生物为主，在越冬阶段以水温等物理要素和敌害生物为主，在生殖阶段以底形、底质等地理要素和初级生产力、敌害生物等为主。渔场环境调查，其目的是了解渔场与渔情在特定时间内的变化情况，主要考虑决定资源分布的要素，因此，其调查内容相对较少，主要为温、盐、流等非生物环境要素和饵料生物环境要素。工程环境影响调查，其目的是评价由于人为干扰导致环境发生变化时，这些变化对经济水生动植物的影响，其调查内容一般为水文、水温、径流、水深、盐度、溶氧、氢离子浓度（pH）、悬浮物浓度、化学需氧量、重金属、石油烃类、有机污染物、噪声、电磁辐射等非生物环境要素以及相关的生物环境要素。而环境趋势预测调查，其目的是掌握特定的环境要素的变化趋势。这类调查相对来讲针对性强、内容比较单一，常见的有温度、径流或氮、磷、重金属、石油类、激素、抗生素等非生物要素。

渔业环境调查按照调查的周期和规模，主要可分为长期调查和专题或专项调查。长期调查一般是指在某一特定水域的较大范围内进行定期和定点连续观测，主要是为掌握该特定水域在空间和时间上的环境演变规律。如中国设立的渔业资源常规调查专项中的渔业环境调查项目和渔业生态环境监测项目等。专题或专项调查，主要是为掌握水生生物资源在不同环境条件下或在不同生活阶段的环境影响而开展的专门调查，比如国际上针对海洋酸化对贝类等海洋生物生长发育影响的专项调查等。专题或专项调查的立项相对比较分散且数量相对较多，如针对工程建设环境影响评价的专项调查等。

按照获取数据的手段，渔业环境调查的方法主要可分为常规调查方法、遥感调查和遥测调查方法。常规调查方法主要是利用温度计、盐度计、透明度盘、流速仪、水样器、采泥器、网具等传统现场取样和测定设备，在现场取样和测定环境要素。遥感调查主要是通过人造卫星、航空器材或船舶搭载红外、光学、微波或声学传感设备，进行非接触性的监测并收集环境要素。遥测调查则是利用装置于调查区域的遥测设备进行接触性收集环境要素信息。相比常规调查和遥测调查方法而言，由于技术的限制，遥感调查方法所获得的环境要素还不够全面，数据的详细程度（空间分辨率）还取决于各类传感器的性能，但遥感调查方法具有调查尺度大、成本较小、较少受到气象条件和调查区域环境限制等特点。

随着人类活动影响强度的不断增长，工业、农业和城市生活排污造成江河、湖泊和海洋的污染日趋严重，全球性气候变化和海洋酸化等已成为世界性的问题，渔业环境和渔业生物资源面临日益增大的压力。人类对渔业环境和生物资源的可持续利用空前重视，无论是开发利用新的外海和远洋渔场，还是开展渔业生态环境调控与修复，增殖水生生物资源，都需要通过渔业环境调查，对水域生态环境与渔业生物之间的作用机理予以了解，从而提出包括应对气候变化、海洋酸化、栖息地丧失、环境污染等的对策，科学开展渔业生态环境修复和渔业生物资源增殖工作，准确预测新渔场，合理适度开发利用新的经济水生动植物资源。因此，渔业环境调查是整个渔业可持续利用的重要组成部分，对维系良好的渔业生态系统以及新资源的开发具有重要作用。