早在公元前3000～前1000年，古希腊米诺斯文明时期，克里特岛的首府诺萨斯即有垃圾覆土埋入大坑的处理。1384年英国颁布禁止把垃圾倒入河流的法令。苏格兰大城市爱丁堡18世纪设有大废料场，将废料分类出售。1874年英国建成世界上第一座焚化炉，垃圾焚化后，将余烬填埋。1875年英国颁布公共卫生法，规定由地方政府负责集中处置垃圾。最早的处置方法主要是填埋或焚烧。中国、印度等亚洲国家，自古以来就有利用粪便作有机肥，家畜家禽粪尿、垫圈材料、饲料残茬作厩肥，以及垃圾作堆肥的处置方法。战国时期《荀子·富国篇》有“地可使肥，多粪肥田”。后魏时期《齐民要术》讲述了“踏粪法”。明代《宝坻劝农书》更是全面地讲述了“蒸粪法”“煨粪法”“酿粪法”“窖粪法”等有机肥料制造处理方式。约从19世纪初开始，人们开始重视农村水体、大气的保护与治理。英国制定了《河流污染防治法》（1876），日本制定了《河川法》（1896），美国在1885年发明了离心除尘器等。产业革命以后，尤其是20世纪50年代以来，随着科学技术和农业生产的迅速发展，人口的急剧增加，工业废水、废气和废渣，农业生产废弃物、副产物和剩余物，以及包括城市在内的生活废水、废气和垃圾不断进入农村环境，使得环境污染和破坏愈演愈烈，农村环境保护与治理的科学技术也得到迅速发展。在人类利用、保护和改善农村生存发展环境的过程中，农村环境工程的雏形基本形成。截至2019年，农村环境工程处在初创阶段，学科领域正处于发展阶段。

保护农村环境最理想的途径是尽量减少工业、农业和生活等污染物的进入，工业上加强“三废”处理、减少“三废”排放，农业上加强生产管理、控制化肥农药施用数量、科学处理利用生产废弃物（如秸秆、畜禽粪便等）、副产物和剩余物，生活上加强生活废弃物处理、垃圾治理。防治农村环境的污染是农村环境工程的主要目标，其主要任务包括农村水环境治理与水污染控制、农村大气污染及控制、农村固液废弃物无害化处理等。

面对农村环境存在的工业废水、废气和废渣进入，农业生产废弃物、副产物和剩余物滞留，城乡生活废水、废气和垃圾进入或滞留三大主要污染问题，农村环境工程的主要内容包括农村大气污染防治工程、农村水污染防治工程、农村废弃物处理利用工程，但重点是农村生活和农业生产污染物的防治。其核心是农村环境污染源的治理和生态环境质量的改善。

农村环境工程是农业环境保护工程的重要组成部分。与生物学中的农业生态学、医学中的环境卫生学和环境医学，以及环境物理学和环境化学密切相关。

农村环境遭受污染，生态环境质量下降，既制约着农村生活、生产和生态的协同发展，又限制着农村经济由数量型向质量效益型转变，对农村可持续发展和人体健康构成威胁。采用科学技术，合理利用农业自然资源，积极防治农村环境污染和破坏，能够促进农村生态环境平衡运行和可持续发展。

废气、废水和固体废物的污染，是各种自然因素和社会因素共同作用的结果。控制农村环境污染需根据当地自然条件，弄清污染物产生、迁移和转化的规律，对环境问题进行系统分析，采取行政、经济、法律和技术手段相结合的综合防治措施，改革生产工艺和设备，开发和利用无污染能源，开展农业资源废弃物循环利用，利用自然净化能力等，以获取环境污染防治的最佳效果。因此，推进废水、废气、固体废物单项治理的有机集合，推动农村环境污染综合防治，促进农村生活、生产、生态三者协同发展的动态平衡，是农村环境工程未来发展的方向和趋势。