直接作用。生物强化作用主要由于单纯一种方式很难彻底修复污染，为此需要联合多种生物修复法共同作用进行修复。例如：微生物－植物联合修复成为多环芳烃污染土壤修复研究领域的热点。植物根系提供微生物生长表面积的同时，其根系分泌物可提供微生物生长所需营养物质，改善根际土壤环境，促进根际微生物的生长和繁殖，从而提高土壤污染修复效果。

共代谢作用。生物修复中的共代谢作用一般指微生物群落在利用另一化学物质作为碳源与能源的同时，使环境中存在的其他污染物也得以参与代谢转化的过程。在这一过程中，污染物的去除或毒性的降低，完全是间接或偶然事件。这一特异作用过程已成为生物修复战略极其重要的一个组成要素。但在污染处理现场对这一过程进行调控非常困难，研究所需费用也相当昂贵。

基因水平转移作用。指在差异生物个体之间所进行的水平遗传物质的交流。水平基因转移的最早证据是发现抗生素广泛使用后的抗性基因的快速扩散。

生物强化修复选用菌剂的原则为：①具有能在恶劣环境下生存的能力；②菌体活性高；③能快速降解污染物。

①直接投加高效降解微生物或共代谢基质物质；②固定生物；③制成生物强化制剂。

优点是操作简单，因地制宜，应用灵活，针对性强，见效快。但系统中高效菌的数量和活性不易控制。