主要包括植物修复、微生物修复和动物修复。

植物修复。运用植物吸收、降解土壤污染物的过程。植物修复包括植物提取、植物根际降解、植物挥发、植物代谢和植物稳定等过程。广义的生物修复包含植物修复，而狭义的生物修复不包含植物修复，此时植物修复被单独视为一类修复技术。

微生物修复。利用微生物降解有害物质的功能，直接利用土著微生物或人工添加外来的微生物，以实现降解土壤污染物的目的。微生物修复主要用于有机污染的土壤修复。微生物修复过程中，除添加必要的可降解污染物的微生物以外，调节土壤的通气、水分、营养状况以促进微生物的降解，是必不可少的环节。

动物修复。利用土壤动物及其肠道微生物对污染物进行破碎、分解、消化和富集，以及利用动物的分泌物对土壤污染物进行分解或转化作用，从而达到降解土壤污染物或降低土壤污染物有效性的目的。已有研究表明，动物可以对部分土壤有机污染物进行降解或富集，可以钝化土壤中的重金属，也可以与植物一起对土壤污染物进行协同修复。

21世纪以来，生物修复发展迅速，不仅较物理、化学方法经济，同时也不易产生二次污染，适于大面积污染土壤的修复。同时由于其具有低耗、高效、环境安全、纯生态过程的优点，已成为土壤环境保护技术的活跃领域。但应用此技术处理高毒性化合物时，应先进行实验室试验和现场中试，考察污染物对微生物活动的影响及其降解过程。