在世界范围内，土壤的次生盐碱化问题严重，危害巨大。因此，世界各国都在采取各种各样的方式治理次生盐碱化土壤，以降低其危害。长期以来，研究者关注物理修复和化学修复的应用，但两者带来的破坏土壤结构和地下水所处的生态环境、成本高、易形成二次污染等问题也不容小视。生物改良措施具有成本低、无二次污染、可大面积应用等独特优点，其中具潜力的是设施栽培次生盐碱化土壤微生物修复技术。

防治措施改良保护地次生盐碱化的原理有：降低土壤盐分、均衡土壤养分、改善土壤性质等。方法主要有：①平衡施肥，均衡养分。根据土壤养分状况、供肥能力及作物对养分的需要进行定量施肥。既可以保证目标产量所需的养分供给，又不至于在土壤中残留过多的盐分物质，在一定程度上维持土壤养分的平衡和肥力的基本稳定。②合理灌溉。选择较好水源，并根据作物不同生育时期对养分和水分的需求，进行适时适量灌溉，以降低土壤中残留的盐分，并减少不必要的肥料浪费。③栽培盐生作物。种植经济盐生作物，可明显降低土壤含盐量，改善土壤肥力和物理性状，缓解土壤次生盐渍化的危害程度。④施用有机肥料。施用有机肥料可增加土壤有机质含量和微团聚体数量，降低土壤容重，增加总孔隙，改善入渗速度，使土壤易于脱盐；也能增加有机胶体和腐殖质数量，增加土壤胶体对盐分的吸附能力，降低盐分在土壤中的活性。⑤施用土壤改良剂。利用一些有机酸络合土壤中的成盐离子，暂时解除盐分对作物的毒害，并具有间接调节土壤理化性质，改善土壤结构的作用。⑥排土、客土。排土、客土，可排除积盐土层而代之以不积盐的土壤，使盐分浓度下降。⑦微生物修复。通过单一或复合菌种的共同作用，改善土壤理化性质，增加土壤团聚体，增强通透性，增加土壤中的有机质含量，提高土壤中微生物的活性，缓解土壤营养成分流失，为植物提供所需的一些营养元素，从而减少肥料的施用。

保护地土壤次生盐碱化的问题关系到设施农业的健康持续发展，其形成机制复杂、影响因素多、盐渍化程度不一，相应的防治措施也不同。土壤盐碱化问题牵涉众多学科领域，所以如何妥善解决土壤次生盐碱化问题是一项艰巨的任务。各种改良方法都存在自身不可避免的不足，为高效修复盐碱土壤，采取任何单一的改良措施，效果都是有限的，且不稳定，容易反复发生，须遵循因地制宜、综合治理的原则。综合治理能够将所有治理措施优点结合，最终能够达到最佳改良盐碱地效果。因此，在防治次生盐碱化土壤的过程中，要采用综合治理技术来进行，即根据因地制宜原则，采取水利、物理、化学和生物等技术相结合的技术进行治理。