1962年，美国作家R.卡逊的《寂静的春天》唤起了人类对环境污染的警觉。20世纪上、中叶发生的“痛痛病”等环境公害事件，向世人显示了环境污染，特别是农产品产地环境污染的后果。此后各国开始重视农产品产地环境，并采取措施加强农产品产地环境的管理和保护。虽然世界各国都很重视农业生产的环境质量，但将农产品产地环境作为完整概念提出始见于2006年中国颁布的《中华人民共和国农产品质量安全法》和《农产品产地安全管理办法》。20世纪90年代以来，中国政府还发布了一系列旨在管控农产品产地环境的规定和标准。2015年，中国发布《大气污染防治行动计划》和《水污染防治行动计划》。2016年发布《土壤污染行动计划》。2018年颁布《中华人民共和国土壤污染防治法》。在这些行动计划和法律中，对与农产品生产密切相关的水、气、土的污染防治提出了明确要求。

农产品产地土壤环境主要指种植业产地的土壤和水产养殖的底泥环境。土壤污染物主要包含重金属、有机污染物和放射性物质。进入土壤的污染物，有些可以被降解，如可降解的有机污染物；有些则会长期滞留在土壤中，如大部分重金属。土壤污染对农作物生产的主要危害在于污染物被作物吸收进入农产品，影响农产品质量；较严重的土壤污染会危害作物生长，致使作物生长受阻、产量降低，甚至死亡。水产养殖底泥中的污染物则通过溶解或解吸等过程释放到水中，影响水产生物的生长及水产品质量。

土壤污染的种类和污染程度因地而异。据中国《全国土壤污染状况调查公报》（2014）介绍，中国耕地土壤污染点位超标率为19.4%，以轻微和轻度污染为主，主要污染物依次为镉、镍、铜、砷、汞、铅、滴滴涕和多环芳烃，见农用地土壤镉污染、农用地土壤砷污染、农用地土壤汞污染、农用地土壤铅污染等。中国一些采矿区附近受污染农田中，每千克土壤中镉含量高达数十毫克，铅的含量高达数千毫克，远高于一般作物忍受极限浓度。日本环境省2003年的数据表明：日本土壤污染物超标的地域累计为132个，面积7224公顷，主要污染物为镉、铜和砷，截至2003年底已有83.8%的超标土地得到治理。

各国都把农产品产地土壤环境的管理作为农产品产地环境管理的基础性工作。日本于1993年修订专门针对农业用地土壤环境保护的《农业用地土壤污染防治法》。2006年中国颁布《中华人民共和国农产品质量安全法》，明确农产品产地土壤环境管理的要求，并在2016年发布的《农产品产地安全管理办法》中进一步具体化；2018年颁布的《中华人民共和国土壤污染防治法》，对土壤污染的调查与评价、污染源管控、污染土壤的安全利用与修复、土壤环境管理的职责、土壤污染的法律责任等做出规定，为中国农产品产地土壤环境管理提供法律依据。不少国家也颁布了包含农产品产地土壤环境保护的土壤污染防治的法律，如美国于1935颁布《土壤保护法》，德国于1999年颁布《联邦土壤保护法》，澳大利亚于1997年颁布《污染土地管理法》。21世纪以来，中国已经开展2次全国性的土壤环境状况调查，农用地土壤污染状况详查也于2017年启动。一些国家制定了土壤环境质量标准或指南，如美国于2003年起陆续发布土壤污染物的生态筛选值；中国于1995年发布GB 15618—1995《土壤环境质量标准》，经过修订后于2018年发布GB 15618—2018《土壤环境质量 农用地土壤污染风险管控标准（试行）》。这些法律和标准的颁布实施，规范和促进了农产品产地土壤环境的监管。

农产品生产的用水包括灌溉水、养殖用水、畜禽饮用水和畜禽养殖场生产用水等。灌溉水质要求包括pH、水温、生化需氧量、化学需氧量和可溶盐、悬浮物、大肠杆菌、蛔虫卵、化学污染物（重金属、硫、氯、阴离子表面活性剂等）含量等。水质差的灌溉水不仅直接影响农作物的生长及其产品的质量安全，还会引起或加剧土壤污染。污染的灌溉水是农田土壤污染的主要来源之一。2021年，中国发布GB 5084—2021《农田灌溉水质标准》。

水产养殖用水水质要求包括pH、水温、溶解氧、生化需氧量和可溶盐、漂浮物质、悬浮物、大肠杆菌、化学污染物（重金属、有机污染物、氰化物、硫化物、氟化物、氮、酚、阴离子表面活性剂等）的含量。不符合要求的养殖用水会影响水产品的正常生长和繁殖，诱发疾病，甚至死亡。2001年，中国农业部发布NY 5052—2001《无公害食品　海水养殖用水水质》和NY 5051—2001《无公害食品　淡水养殖用水水质》；2012年，农业部发布SC/T 9406—2012《盐碱地水产养殖用水水质》，规定不同养殖类型的养殖用水水质要求。

畜禽养殖场和养殖小区生产用水的水质要求包括pH、嗅、浑浊度、色、溶解性总固体、生化需氧量、氨氮、阴离子表面活性剂、溶解氧、总余氯、总大肠杆菌等。畜禽饮用水的水质要求包括pH、嗅和味、浑浊度、色、溶解性总固体、总硬度、硫酸盐、氰化物、氟化物、砷、汞、铅、铬（Ⅵ）、镉、硝酸盐、六六六、滴滴涕、乐果、敌敌畏、总大肠杆菌等。

农产品产地的大气环境主要指农作物（种植业）产地的大气环境，也包括畜禽养殖场和养殖小区的大气环境。种植业产地大气环境指标包括：二氧化硫、氟化物、铅、总悬浮颗粒物、二氧化氮、苯并[a]芘、臭氧等。二氧化硫会使植物叶片枯黄、坏死，叶肉细胞损伤，影响新陈代谢。二氧化氮对植物的损伤主要是由于酸化或光化学过程，引起光合作用速率的下降，损伤叶绿体。植物短时间暴露于高浓度臭氧导致叶片褪色、出现伤斑、早衰；长时间暴露于低浓度臭氧引起叶片变薄、叶绿体减少、蜡质层受损、固氮酶活性下降、抑制同化物质的转运，致使生长受阻、产量下降、品质降低。累积在植物体内的氟主要来自大气，氟化物会引起叶片细胞的损害、黄化，甚至枯死。大气污染不仅直接危害植物生长，其中的污染物还会通过沉降进入土壤，加剧土壤污染。畜禽养殖场和养殖小区的大气环境要求包括氨气、硫化氢、二氧化碳、可吸入颗粒物、总悬浮颗粒物和恶臭等。