农业生产中因为植物保护而投入的农药或因饲养动物疾病防控而投入的兽药和抗生素等对农田、土壤、水体和空气的污染。包括杀虫剂、杀菌剂、除草剂、动物激素、微生物菌剂和抗生素等。以往有机氯类杀虫剂“滴滴涕”和“六六六”等难降解农药备受关注。21世纪以来，抗生素（如四环素类、磺胺类、大环内酯类）和抗性基因等日益成为农业新型污染物。

农业生产过程中因化学肥料和有机肥料投入而对土壤、水体、空气等造成的污染，例如过量使用的氮肥和磷肥对土壤和水体的污染；有机肥料特别是来源于畜禽粪便的有机肥中含有的重金属、病原菌、抗生素、动植物激素以及持久性有机污染物（POPs）等对农业环境造成的污染。

温室大棚、灌溉及养殖设施等残留物造成的污染。

温室大棚和露地塑料薄膜覆盖而产生的农业污染，特别是农用地膜残留对土壤的污染。破碎农用地膜形成的塑料微粒对土壤微生物、饮用水可能具有极大环境风险。

污染物通过土壤、水体或大气进入生态系统，经扩散、挥发、沉降、流散等作用在三者之间循环传递，并在农业生产过程中通过食物链在各级生物体内富集，其主要包括四种污染过程：①化学农药施用后，喷施型农药直接扩散、蒸发到空气中，以气体或气溶胶的形式悬浮于大气，随气流运动，扩大污染范围，或发生沉降进入土壤及水体。防治土壤病害的农药直接施用于土壤中，被土壤中的黏土矿物或者有机质吸附，随地表径流流入河湖，或淋溶进入地下水。②经由动物饲料摄入或注射进入体内的部分重金属元素和抗生素，经由随动物尿液和粪便排出，可直接进入地表水和土壤环境中，同时通过地表径流和地下渗漏作用，可进入地下水，然后进入鱼虾等水生生物体内，在食物链中进行富集。③长期大量施用化肥，会导致土壤退化，土壤结构破坏。过量施用氮肥可造成土壤硝酸盐积累，造成土壤次生盐渍化。大量施用磷肥可引入镉进入土壤，造成土壤镉污染。同时化肥是水体富营养化的主要氮源和磷源。④塑料地膜和设施大棚薄膜使用后，如不进行科学合理处置，将主要存在于土壤耕作层，难以降解，造成土壤物理结构层次改变，可影响作物根系生长及养分吸收，同时会产生对土壤生物有害的酞酸酯。农业生产过程中，往往易被农民与秸秆一起焚烧产生二􀅁英、氯化氢等有毒气体，往往造成对大气的污染。

控制农业投入品的污染，重在农业投入品的用量控制及相应技术措施和政策的落实，在生产过程中，优化和改良种植方式，通过测土配方施肥、秸秆还田、合理轮作间作等方式培肥地力；在病虫害防治方面，优先选择生物、物理和生态防控等措施；此外结合生态循环、种养结合等模式，加强检验监控措施，达到从源头上减少农业投入品使用的目的。