土壤转录组学测定的是土壤微生物所表达的基因数目，是其所能转录出来的所有核糖核酸（RNA）的总和。其中涵盖了在各种不同水平上表达的基因，即在RNA水平上研究土壤微生物中基因表达的情况。这是研究土壤微生物生理活性和代谢水平的重要指标。与土壤微生物中基因组大致固定相比，土壤转录组随外部环境条件变化而迅速变化，反映出基因的表达水平。

根据研究对象的不同，土壤转录组学可分为土壤微生物个体转录组学和土壤宏转录组学。土壤微生物个体转录组学的主要研究对象是单一土壤微生物种群细胞中的转录组，而土壤宏转录组学则是研究土壤样品中全部微生物的转录组信息，通过RNA水平研究基因表达情况，进而研究整个土壤微生物群落在某一状态下所产生的全部转录物的种类、结构、功能，以及不同微生物构成的群落及其相互关系。

土壤转录组学的常规方法包括：①基于脱氧核糖核酸（DNA）微阵列技术的高通量技术。这是存在成千上万微小DNA位点的芯片，每一个位点代表着一种基因。这种技术的限制因素在于可以承载的基因数量。②在核苷酸水平上研究转录组所用到的下一代测序技术（深度测序方法）——RNA-Seq。③实时聚合酶链反应（PCR）技术。其技术优势是有效、灵敏、可靠。