腐生真菌营养物质的来源主要是动植物的遗体；动植物的脱落物，如落叶、枯枝、树根；以及动物的粪便和毛发等。一方面，腐生真菌能分解自然界中大量的有机物质，在自然界物质循环中起着重要的作用；而另一方面，它又是人类日常生活用品的腐败菌，如木制品、纺织品、纸张和食品等；同时一些腐生真菌可以产生真菌毒素，从而引发人和动物的许多中毒症状。

土壤中腐生真菌的种类很多，营养要求各不相同，通常在土壤中的消长规律为糖真菌（接合菌和卵菌），纤维素分解真菌（担子菌、半知菌 、子囊菌），木质素分解真菌（高等担子菌）。

糖真菌主要是毛霉目真菌，如毛霉、梨头霉和根霉，有时也有乳突腐霉存在，它们能够吸收糖和简单的多糖，以及氮、磷、钾等营养物质，其孢子萌发快，菌丝生长速度快。因此，在植物体死亡后，最先侵入基质并形成优势菌。糖真菌休眠后，纤维素分解真菌如毛壳菌、镰刀菌、木霉等产生胞外纤维素酶，将纤维素分解成纤维二糖，再分解成葡萄糖，然后吸收作为营养。在纤维素分解真菌生长过程中伴随着次生糖真菌的生长。在纤维素分解真菌消亡之后，遗留下来的营养基质以木质素为主，能够降解木质素的真菌全部为高等担子菌。木材腐生真菌主要为担子菌和子囊菌，由于在化学和形态上的差异，可分为白腐真菌、软腐真菌和褐腐真菌三类。白腐真菌多降解木质素，产生白色的脱木质素木材；软腐真菌只能分解纤维素，多为子囊菌和半知菌；褐腐真菌早期分解纤维素，但对木质素分解有限，被降解的木材呈褐色。

粪生真菌包括接合菌，如水玉霉、毛霉、倚囊霉等。子囊菌有粪壳菌等以及担子菌的鬼伞和弹球菌等。许多粪生菌具有直接弹射孢子的能力，常将孢子从动物粪便弹射到草地，草食动物摄食后，在消化道中由于温度和pH的变化促使孢子萌发，再随粪便排泄出来，开始在粪便上进行营养生长。各种真菌在粪上出现有一定的规律性，依次是接合菌（如水玉霉）、子囊菌（如粪壳菌）、担子菌（如伞菌）。