土壤微生物群落演替的影响因素有：①人类活动。可引起土壤微生物群落发生演替变化。如化石燃料燃烧引起的气候变化、农田施肥、草原放牧等人类活动。②土壤微生物。群落演替主要受选择、扩散、漂移和突变等过程影响。生境变化是导致微生物群落演替的最重要因素。选择作用使生境变化紧密相关，生物或非生物因素的压力导致微生物个体繁殖成功与否产生差异，从而引起选择过程。生物因素包括微生物间的共栖、共生和寄生，非生物因素包括各种环境因素，如土壤pH、土壤碳含量、氮含量等。扩散过程控制微生物个体在群落中的迁移程度。随机事件将导致微生物群体大小产生波动，从而引起漂移过程。突变过程将导致产生新物种，从而在微生物群落间不通过扩散过程交换个体的情况下，引起群落物种丰富度的改变。然而在集合群落中，微生物个体在区域微生物群落间扩散，此种情况下，突变过程在微生物群落中的影响较小。

由于土壤微生物群落的复杂性和异质性，各个控制因素在不同土壤生态系统中所占的比重尚不明确，为预测土壤微生物群落演替规律带来困难。