土壤原生动物多属于自由生活型，主要分布在枯枝落叶和表层土壤中。一般以有性和无性两种世代相互交替的方式进行生殖。在不良条件下形成孢囊，以抵御不良环境因子。

土壤原生动物主要属于肉鞭毛虫门和纤毛虫门，可划分为鞭毛虫、裸变形虫、有壳变形虫和纤毛虫4个生态类群。鞭毛虫是土壤原生动物中数量较多、活性较高的类群，它们在营养物质周转中发挥着重要作用，主要捕食细菌。种群的分布与生境类型密切相关，种群密度从沙漠土壤100条/克到森林土壤超过10万条/克，变异很大。裸变形虫广泛分布在农田、草地和森林土壤中，主要以取食噬菌体、细菌、真菌、藻类及其他细小有机颗粒物为生，具有很强可塑性，可利用土壤中微小的洞穴和土壤团聚体中孔隙来取食细菌。有壳变形虫的数量与裸变形虫相比较少，容易通过直接过滤和染色的方法来计数。纤毛虫主要分布在潮湿或季节性潮湿的生境。相对于其他原生动物类群，纤毛虫的种群密度较低，在凋落物和土壤中一般为10～500条/克土壤。纤毛虫主要活跃于土壤洞穴和孔隙，以取食细菌为生。

土壤原生动物的生态功能主要体现在：①捕食微生物，调节细菌的种群动态，抑制病原微生物的活性；②调控土壤食物网的结构与功能；③参与土壤中有机残体的分解，促进土壤养分的周转；④作为植物病原生物传播的媒介。