生于美因茨。1854～1857年先后在路德维希大学、格奥尔格·奥古斯特大学和腓特烈·威廉大学修习法学。1858年经吉森大学的刑法学教授J.M.F.比恩鲍姆保荐，未写论文便获颁法学博士学位。1862年受R.von耶林促动完成了教席论文。1868年应召赴布拉格查理大学任教。1872年转至维也纳大学，接任J.A.格拉泽的教习职务。1873年成为普鲁士王室科学院的书信成员，1874年在斯特拉斯堡的威廉皇帝大学供职，并于1889年当上法学院院长，5月1日发表了题为“刑法发展与各民族公众状态与精神生活总体发展之间的关联”的就职演说。主要著作有《犯罪学论文集》（1867）、《论法哲学与实证法学及其总则的关系》（1874）、《法律百科全书》（1885）、《普适法律学说的元素》（1890），以及嗣后的《遗作残章与论文合辑》（1898、1899）。

默克尔试图将普适的法律学说与历史及社会学中的法律发展文化理论联系起来，被尊为实证法哲学的创始人。