三藏包括经、律、论三个基本部分。佛教经典中最早出现的是释迦牟尼在世时宣说的正法，最初佛的教法是以口口相传的形式保存下来的。以经藏和律藏来命名是在佛逝世以后，僧团的领袖们认为要树立佛生前教导的权威性并以此维系僧人的修持和教团的发展，因而迦叶在佛逝世当年的夏安居时主持了佛教的汇编工作，称为“结集”。佛的弟子们聚集一处，会诵并确认佛所说法的、地点、对象和因缘。“多闻第一”的阿难背诵了佛祖生前的思想论述，称为“经”；“持律第一”的优波离诵出了佛祖为僧团制定的规章制度，称为“律”。关于结集，佛教不同部派有不同的说法。

在佛教流传的实际过程中，佛的全部教导又有其他一些组织形式。例如，佛典有一种称作“九分教（又称九部经、九部法）”的贮藏形式，包括：①修多罗，散文形式的经文，又称契经。②伽陀，偈颂形式的经文，又称孤起颂、不重颂。③伊帝目多伽，佛所说弟子们在过去世的因缘故事，又称本事或如是语。④阇陀伽，所说他自己在过去世中的因缘故事，又称本生。⑤阿浮陀达摩，说佛及弟子们的神通故事，又称未曾有或希有法。⑥尼陀那，记录了佛所说法的缘起或因缘。⑦阿波陀那，解说佛的教义的种种譬喻。⑧耆夜，所谓重颂、应颂，以偈颂对于佛教说的复述。⑨优波提舍，即议论，对佛所教法义的讨论。九分当中，修多罗、伽陀与耆夜三者是佛经基本形式。以后佛教经典又发展成为“十二分教”“十二部经”，增加了和伽罗那（为佛的授记预言）、优陀那（意为“自说”或“不问自说”佛所讲的菩萨成佛事）、毗佛略（又称“方广”“方等”，为佛所说的广博方正的湛深教法）。这里已经有大乘佛教的思想萌芽。十二部经，又是佛教经藏的代称。

“藏”的本意是“箧”或“箱”，转义为今日所谓“范畴”。部派佛教时期，多数部派已经使用这种三分的方法来归类保存全部佛教经典，并延续至今。大乘佛教出现后，把先前的三藏称为小乘经、小乘律、小乘论。“经”是佛的论议教导，“律”是佛制定的戒律，“论”是佛弟子们对佛之言教的议论发挥。早期佛教流行时，印度各地情况复杂，各部派的经典组织不能一概而论。据玄奘《大唐西域记》，佛灭后迦叶组织首次结集时，还有另一批比丘也另行结集，形成的经典除了“三藏”，还有杂藏和禁咒藏，即有“五藏”。通常认为大众部另有杂藏，犊子部另有咒藏。各个部派虽多有三藏，但三藏的组织不一。

就上座部言，其三藏贯彻了五分法。如经有长阿含、中阿含、增一阿含、相应阿含和小部阿含（又称杂藏）；律的五分是大分别（说比丘戒）、比丘尼分别（说比丘尼戒）、犍度（说受戒安居等事）、本母（戒律通论）以及增一毗尼（戒律的补充论述）；论藏，也可以看出五分，即问、非问、摄、相应以及发趣。但同为从上座部中分出的说一切有部则用“四分法”来组织三藏。其经藏只有四阿含，相应阿含居首位。而较部派佛教稍晚的大乘佛教，起先并不承认其经典属于三藏，如《大智度论》卷一百说“三藏是声闻法，摩诃衍是大乘法”，又说“《摩诃般若波罗蜜经》等，在修多罗中……不在集三藏中”。但大乘佛教后来也坚持自己另有三藏，即大乘经、大乘律、大乘论。但在汉文佛教经典的三藏中，这三者不再是组织结构的范畴，而仅为内涵意义的所指。