明朝万历二十年（1592）十一月四日，隐元出生于福建福清万安乡灵得里东林村（今福清上迳镇东林村）林家。万历四十八年二月十九日，于福清黄檗山万福禅寺鉴源兴寿座下剃度，法号隐元，法名（内字）隆琦。天启四年（1624）五月，投浙江海盐金粟山广慧禅寺密云圆悟（1567～1642）会下，参禅得悟。崇祯七年（1634）一月，在福清黄檗山万福禅寺嗣法于密云法子费隐通容（1593～1661），为临济宗第三十二代。崇祯十年十月，住持福清黄檗山万福禅寺，至崇祯十七年三月。此后历住浙江崇徳福严禅寺、福建长乐龙泉禅寺。南明隆武二年（1646）一月，再度住持福清黄檗山万福禅寺，至永历八年（1654）五月。追慕唐朝希运祖师，大阐宗风，培养诸多法子，开出临济宗黄檗派。时遭明清易代巨变，痛心忧患，终生以保存故国明朝文化为己任。永历八年六月二十一日，率徒众三十多人，于中左所（厦门）起航东渡，七月五日到达长崎，应请住持唐人寺院兴福寺。此后又历住长崎崇福寺、摄州普门寺。日本宽文元年（1661）五月，于京都府宇治郡太和山创建新寺，亦名黄檗山万福禅寺，以示不忘故国根源。八月廿九日，晋山住持说法，海众云集。明朝禅林礼乐，重现异域。黄檗宗因而成立。宽文四年九月退居，推举法子木庵性瑫（1611～1684）继任住持。宽文十三年四月三日，示寂于京都黄檗山万福禅寺内松隐堂。时当中国清朝康熙十二年（1673）。因其功绩卓著，示寂前一日，日本皇室赠予封号大光普照国师，此后屡加追谥。在中日交流史中，被尊为中国名僧。其语录宏富，有《隐元禅师语录》《普照国师广录》《云涛集》《弘戒法仪》等四十多种传世，并订有《黄檗清规》十章。日本平久保章编有《隐元全集》12卷。法嗣共23人，其中日僧有龙溪性潜、独照性圆、独本性源3人。其余著名的有木庵性瑫、即非如一、慧林性机、独湛性莹、大眉性善、南源性派、独吼性狮等，皆为先后渡日的中国僧人。其派下法脉中，第13代法孙广钦照敬（1892～1986）弘法中国台湾，创立临济宗承天寺派。

隐元草书匾