利玛窦生于意大利马切拉塔。1571年，在罗马加入耶稣会，在耶稣会主办的罗马学院学习法学、哲学和神学，并师从数学家C.克拉维乌斯（Christopher Clavius，1538～1612）学习天文和数学。1577年，在里斯本科因布拉大学学习葡萄牙语。次年，在葡萄牙保教权的庇护下前往印度果阿传教。1580年，升任神父。1582年，奉耶稣会远东巡阅使范礼安（Alessandro Valignano，1539～1606）之命到澳门学习汉语。次年，随另一耶稣会士罗明坚前往广东肇庆传教，建立了第一个传教会所。1589年，移居韶州。1597年，被任命为耶稣会中国传教会会长。次年，以进贡方物、协助修正历法为由进京，利玛窦墓（位于北京市西城区车公庄）但未获准在京居留。1600年第二次进京，被地方官员阻拦下狱。1601年方得进京，进呈自鸣钟、《万国图志》等，得明神宗信任，敕居北京。在中国传教时期，习汉语，蓄须留发，着儒服，行儒家礼仪，自称“西儒”，是第一位阅读中国文学并对中国典籍进行钻研的西方学者。除传播宗教教义外，还传播西方天文、数学、地理等科学技术知识。广交中国官员和社会名流，与士大夫沈一贯、叶向高、徐光启、李之藻、杨廷筠等均有交往。同时又向欧洲介绍中国国情，把儒家“四书”译成拉丁文等，为明代中西文化交流作出了重要贡献。其著译，数学方面有与徐光启合译的《几何原本》等，地理学方面有世界地图《坤舆万国全图》，语言学方面有《西字奇迹》（今改名《明末罗马字注音文章》），神学方面有《天学实义》（一名《天主实义》）等。《西字奇迹》以西语之音，通中国之音，使向来被人看作繁难的反切变得简易，是中国汉字拉丁化道路之始。1608年末，根据在中国传教期间的经历和见闻，开始把所了解的中国情况用意大利文记述下来，此即《利玛窦札记》。此书在其死后被译成拉丁文，并增补部分内容，于1615年以《基督教远征中国史》为题，在德国出版。此书共5卷，是耶稣会士介绍中国国情的重要著作，对研究明代中西交通史、耶稣会士在华传教史和明代后期历史，都具有重要的史料价值。出版后被相继译成法、德、西等多种文字。汉译本名为《利玛窦中国札记》。教廷和西方在华传教士对利玛窦在中国传教的策略颇有争议，因而引发了“中国礼仪之争”。1610年病逝于北京，葬于平则门外二里沟的滕公栅栏（今北京行政学院院内）。