栖息地片段化首先表现在形式上，包括两方面：①栖息地景观中片段化的栖息地增加，适宜于生物生存的栖息地面积减少，在很大程度上降低了栖息地的生态功能。②栖息地形状复杂化（破碎化），导致栖息地核心区面积减少，斑块边缘效应增强，在极大程度上减弱了栖息地保护生物多样性的功能。栖息地片段化还表现在生态功能上的破碎化上：受气候变化、人类活动的影响，栖息地内部生境片段化，造成栖息地内部环境质量下降；或由于自然环境因子在空间组合上不匹配，导致生境适宜性降低或在空间分布上破碎化。

栖息地片段化主要由如下两方面原因造成：①自然干扰。比如水灾、旱灾、火山爆发等，破坏原来的栖息地，使原栖息地不再适宜，造成栖息地片段化。②人类活动。比如农田开垦、森林砍伐、修建道路等。

面积效应。由于栖息地片段化后导致种群活动空间（包括取食地、繁殖地、夜宿地等）的面积减少而增加了种群内部的生存压力，影响了物种内部对食物、配偶以及领域等资源的竞争，进而导致种群波动，使区域栖息地斑块上的种群灭绝的风险增加。

边缘效应。栖息地片段化导致斑块边缘变长。边缘的变化会改变温湿度、风力等环境条件，影响物种间的竞争、捕食与被捕食关系。对于偏爱栖居于边缘的动物，栖息地片段化扩大了其栖息地范围，从而对种群增长有利。然而，栖息地斑块的边缘对于内部种不是适宜的栖息地，因此当栖息地片段化后，由于边缘扩大，斑块内部栖息地就大幅减少，对内部种的生存会产生巨大影响。

异质效应。各个景观斑块中栖息地的植被类型、植被特征不同或不均一而引起物种对不同栖息地斑块所采取的选择效应，能够影响到物种的分布和物种的种群动态。

隔离效应。栖息地片段化过程中产生许多小面积斑块，而小斑块之间存在不同程度的不适宜栖息地，造成斑块之间的隔离。栖息地片段化造成的隔离既可能使部分斑块由于种群压力过大导致种群内部竞争加剧，从而种群数量下降或灭绝，也有可能使部分斑块上的小种群因为种群太小而发生近交衰退现象，从而走向灭绝。

干扰效应。栖息地片段化过程中，人类的砍伐、耕作、筑路等活动，对动物造成影响，造成个体的直接死亡或者破坏动物的生活环境，影响其觅食、栖息等活动进而影响其生存。

遗传效应。栖息地斑块的隔离造成不同斑块上的种群不能交流，使斑块内的个体近亲繁殖的风险增加，使种群的基因多样性丧失，遗传漂变的概率大大增加。

斑块格局效应。斑块布局不同而引起的各个景观中物种分布和种群大小及动态的差异。不同的斑块格局对于种群的个体扩散、基因交流以及物种的稳定有不同的影响。

种间竞争效应。在大片连续的栖息地中，栖息地内资源相对丰富，不同物种通过生态位分化而共存，竞争的表现相对不强烈。栖息地片段化后，由于斑块内资源的短缺，使具有相似生态位的物种种间竞争加剧，造成物种间生态位进一步分化或者竞争弱的物种遭到排挤而灭绝。

栖息地片段化既改变栖息地的空间结构，也改变片段化后的栖息地斑块之间的生态过程（如营养循环、物种间的竞争关系等），导致一些不良影响的出现。其危害主要表现在：①导致生物多样性丧失加剧。②改变物种的食物资源分布，增加栖息地对外部的暴露，造成外部物种入侵，威胁本地种的生存。③增加动物种群间的隔离度，限制物种的扩散和定殖能力。④对群落产生影响，使有的物种消失或者外来物种入侵，且有可能使外来种和本地有害种更容易入侵受干扰的边缘生境，对本地群落造成致命打击。