自然保护区监测的目的是了解自然因素与人类活动对保护对象及其相关因素的影响和危害，为调整保护措施、改进保护管理提供依据。监测工作具有长期性、连续性等特点。其主要内容有动物监测、植被监测、社区监测、水体监测、大气监测、土壤监测、地质环境监测等。

主要包括野生动物监测和干扰因子监测，野生动物监测包括野生动物种群的动态（包括年度变化和随季节在不同区域的数量变化）、栖息地选择及相关生态学数据的收集。干扰因子监测包括对天然因素干扰和人为因素干扰的监测，以人为因素干扰为主。动物监测主要采用样线、样点等方法，还可以通过红外相机技术进行监测。以地面实地调查为主，结合遥感或无人机监测等方法，构建天地一体化监测体系，系统监测保护区内野生动物栖息地状况。

红外相机技术是指通过自动相机系统（如被动式/主动式红外触发相机或定时拍摄相机等）来获取野生动物图像数据（如照片和视频）。这些图像数据可用来分析野生动物的物种组成、分布、种群数量、行为和栖息地利用等基础信息，从而为野生动物保护管理和资源利用提供重要参考资料。作为一种非损伤性的取样技术，红外相机技术正广泛应用于兽类和地栖性鸟类的监测。野生动物红外相机监测规范的建立和执行应包括4个环节：相机布设方案、监测计划实施、数据采集方案、数据管理方法及数据分析方法。

主要包括自然保护区植被分布、种群结构、生长现状和生物多样性变化趋势等。植被监测可采用样线/样方与遥感或无人机监测相结合的方法。由于自然保护区植被监测具有特殊性，监测强度小于动物监测，一般每3年一次或者每5年一次。根据植被监测的要求及所要收集的数据信息，填写植被监测所需要的内容及相关信息，表格填写要求同动物监测表。

主要包括社区自然地理概况、社区人口情况、社区资源利用现状、社区居民收入来源及状况、社区耕地情况、社区农作物种植和牲畜家禽养殖情况、社区公路状况、野生动物危害情况等。与动植物监测的方法不同，社区监测通常采用访谈和问卷调查等方法。监测开始之前，首先要选择周边社区的1～2个自然村为调查监测对象。监测对象的选择有一定的要求，例如生产生活与保护区密切相关的、位于保护区境内或保护区相邻的、经济收入来源少且贫困落后的、有狩猎习惯的少数民族村等。选择监测的农户应具代表性，一般应涵盖富裕、中等、贫穷农户，监测频率为每年一次。社区监测表内容主要包括典型村情况调查和农户社会经济调查两方面，表格填写要求同动物监测表。

对于自然保护区特别是内陆湿地和海洋类型自然保护区，水体监测是一个重要内容。水体监测主要采用采样方法进行。采集的水样一般有两种：一种为等比例混合水样，指在某一时段，在同一采样点位所采水样量随时间或流量等比例混合水样；另一种是等时混合水样，指在某一时段内，在同一采样点位（断面）按等时间间隔所采等体积水样的混合水样。具体采样方法可参考《地表水和污水监测技术规范》。样品采集后的保存可参见《水质采样样品的保存和管理技术规定》。检测方法和标准则可以参考GB 3838—2002《地表水环境质量标准》、GB 3097—1991《海水水质标准》等。

主要是对大气中的有害物质、不同地区的污染类型和排放污染物等进行监测。根据各地的实际情况确定需要监测的大气环境指标，并进行大气质量评价。大气中的常见污染物有悬浮颗粒物、降尘、可吸入颗粒、二氧化硫、氢氧化物、总烃、铅、氟化物、臭氧等。对于不同的监测指标其检验的方法也各不相同。一般来说，大气的监测和水体监测一样，主要采用采样方法进行。根据HJ/T 194—2005《中华人民共和国环境保护行业标准》中的规定，大气采样的方法有24小时连续采样、间断采样、无动力采样等多种。每种监测指标适用的采样方法及采样设备可以参看HJ/T 194—2005《中华人民共和国环境保护行业标准》。采样后的监测分析方法可根据国家颁布的标准分析方法或国家环保总局颁布的标准分析方法。对没有标准分析方法的监测项目，可采用《空气和废气监测分析方法》中推荐的方法。

主要包括pH、镉（Cd）、汞（Hg）、砷（As）、铜（Cu）、铅（Pb）、铬（Cr）、锌（Zn）、镍（Ni）、六六六、滴滴涕等11项。通常土壤监测的常规项目主要有三类：①金属化合物。②非金属无机化合物，包括氰化物、氟化物、硫化物等。③有机化合物，包括三氯乙醛、油类、挥发酚、滴滴涕、六六六等。土壤的监测一般采用采样点监测。在土壤监测中，样品的采集是一项非常重要的工作。相对于水体采样和大气采样而言，其复杂性和难度都比较高。通常样点选择方法有对角线采样法、蛇形采样法、棋盘形采样法和梅花形采样法。

监测方法有：①标准方法。按土壤环境质量标准中选配的分析方法。②由权威部门规定或推荐的方法。③根据各地实情，自选等效方法，但应作标准样品验证或比对实验，其检出限、准确度、精密度不低于相应通用办法要求水平或待测物准确定量的要求。具体土壤监测方法参见HJ/J 166—2004《土壤环境监测技术规范》。

对于遗址遗迹类的自然保护区，地质环境监测是其日常工作的重要组成部分之一。地质环境监测主要包括地下水动态监测、地质灾害监测两方面。地下水动态监测主要是指对地下水的水位、水质、水量和水温等的动态变化以及地下水运移规律的监测，包括地下水常规监测和地下水污染监测。地质灾害监测是指对由于自然和人为因素造成和引起各类地质体的变化情况实施的监测。地质灾害监测又可以分为缓变型地质灾害监测和突变型地质灾害监测两类。