物种编目不同于物种分类。编目强调对现有的类群进行登记和评估，有时甚至只要求将登记的对象区分开来，不必全部都给予详细的鉴定和命名。一般情况下，编目是为了登记、评估和监测生物资源，涉及的类群和生境范围都要求尽可能多样。当为自然保护规划提供依据时，编目则在很大程度上属于监测项目，主要涉及对环境变化敏感和具有生态代表性的生物类群，通常包括脊椎动物、植物和陆生节肢动物的类群。

编目应包含各分类单元的名称以及分布地点这两项基本内容。详细的编目还包括与物种生物学和生态学有关的信息，如发生时间、栖息地类型、种群大小等。编目可在不同地域级别开展，如全球范围、区域范围、国家范围或地区范围。编目信息可通过直接的野外调查和分析获得，也可对已有的文献和资料等进行整理收集。编目的成果形式是物种名录和物种编目数据库。编目的程序主要包括设计、资料收集、补充调查、鉴定和编制名录或数据库等。

全面性、准确性和可比性是编目的基本要求。编目项目还要做到：①标准化。包括采样方法标准化、采样方案标准化及记录内容和形式的标准化，以保证调查结果的可比性和可校验性。②目标明确。明确编目项目的目标，以此为依据确定编目的类型，从而进一步确定对象、地理范围、调查和分析方法及结果汇总的方式。③深度和广度结合。在满足编目目标要求的前提下，既要能体现时间、空间和对象的广泛性，又要有所突出，有所侧重，优先选择。在一些地点要长期定点进行调查，在另外一些地点只能进行不定期的抽样调查。④调查信息的完整性和最大化。在采样设计时要尽可能充分地考虑与调查对象有关的各种变异因素。⑤可行性。要考虑可用的经费和人力资源、调查方法是否能为调查者接受，以及采样设计是否可行等。

物种编目的意义：①确定某一区域已鉴定物种的名录，表明物种存在与否，直接提供物种的地理或栖息地分布信息，这是进行其他分析的基础。②可直接利用编目数据进行区域范围物种多样性特征的分析和比较，确定特有性集中地区和物种高度丰富地区。这些知识对制定保护决策甚为重要。③对重要的经济物种的编目数据可直接用于指导生产实践。④编目可作为自然监测的一个重要手段。某一地区的物种种类和分布的变化可通过编目进行监测，并可选择某些环境敏感类群作为环境指示类群进行长期的跟踪编目，达到环境监测的目的。⑤编目内容直接反映人类对自然界生物种类认识的深入程度。