保护区管理的核心，就是正确处理与保护区有关的各种社会关系和自然关系，包括保护区与其他机构之间以及保护区内部门之间的关系，确保相互间关系的通畅，以促使保护对象的状态朝着保护区所期待的方向发展。管理计划是自然保护区开展工作的基础性文件，通过管理计划的编制、执行和检查，协调和合理安排、组织各方面的保护和管理活动，有效地发挥所有人力、物力和财力资源，取得保护区最佳的生态、社会和经济效益。具体来说，管理计划是自然保护区在一定时期内开展保护管理工作的指导性文件，是保护区开展所有工作的行动纲领，它是对实现自然保护区总体目标所需采取的各种具有科学性、逻辑性、有效性和可操作性行动的总结。

编制管理计划可以使保护区管理者有效发挥自然保护区现有的人力、物力和财力，解决一段时期内自然保护区面临的主要问题。即编制管理计划要求管理者清楚在一段时期内自然保护区面临哪些主要问题，具有哪些可调配的资源（人力、物力和财力），然后如何有效地利用现有资源解决面临的主要问题；同时，编制的管理计划可以使上级主管部门或外部捐赠者了解、支持自然保护区的重点领域。

保护区管理计划主要包括四个部分的内容：①保护区基本情况描述。保护区基本情况描述是管理计划中重要的组成部分，系统、客观地描述自然保护区的现状，是自然保护区开展下一步各项管理工作的基础。②保护区评价。评价是确定管理计划的主要特点或主要问题。评价意味着将对该保护区的主要特点进行生态和经济评价，并决定其最重要的特点。主要内容包括生态特征评价、社会经济评估、存在的主要问题、恢复和改进的潜在可能性等。③目标及管理措施。管理计划编制的相关资料收集齐全、描述和评价部分完成以后，要确定保护区的管理目标。管理目标可分为长期目标（即理想目标）和操作目标（短期目标）。主要内容包括长期目标、影响长期目标的因素、操作目标、管理措施。在叙述长远目标时，不必担心资金或现实的局限性，这些限制因素将会成为具体行动目标。一般长远目标至少为15年，或者更长。长远目标不应是理论性的，它应陈述目的而非具体的实施或操作过程。陈述目标的用词应力求简洁明确，并按重要次序进行排列。而操作目标是达到一部分理想目标的具体目标或任务，是具体、可量度、可操作或可实现的，操作目标应简明扼要。④行动计划。行动计划是管理计划的核心，也是整个管理计划的主体。主要结合历史，依据现状，客观地估计今后5年发展方向和具体安排。并安排具体实施的时间，将相关的预算进行汇总。行动计划的主要内容包括管理行动原则、工作计划、行动、年度工作计划、年度评价、总体评价。将实现操作目标的工作（解决方案）分解为不同的、确定清晰的独立工作单元，这些工作单元就称为行动。更清楚地说，一个行动就是一个相对独立的小项目。

管理计划作为保护区开展管理工作的指导性文件，能够在保证自然保护区管理工作的有效性、连续性，避免资源的浪费和不必要的重复工作等方面发挥重要作用。具体包括：①明确每一个时期的中心任务和工作重点，明确保护管理工作的具体任务和要求；②明确管理工作的宗旨、目标和战略；③确定各项工作的时间表，以便有效地控制和调节；④规定各项工作实施的地点和场所，了解实施的环境条件和制约因素，合理安排实施的组织形式和布局；⑤确定完成任务的实施单位或个人及其职责和权力；⑥制定实施管理的措施以及相应的政策和规章，对人力、物力和财力资源进行合理分配和集中使用，做到综合平衡和有效调控。

按照自然保护区的建设程序，自然保护区经政府批准后，首先要编制总体规划，确定自然保护区发展的长远和宏观规划。管理计划是落实总体规划的阶段性规划，指导自然保护区一定时期内的具体工作，逐一实现自然保护区阶段性目标（中期目标），强调对保护区日常保护管理工作的指导。因此，自然保护区总体规划是远景规划，而管理计划就是保护区的阶段性计划。通过一期一期管理计划的实施，最终实现保护区的总体目标。