自然保护区核心区划分应优先进行，要求：①核心区是自然生态系统保存最完整，保护对象及其原生地、栖息地、繁殖地集中分布的区域。②核心区面积应根据保护对象的生物生态学特性和栖息地要求确定，以有利于系统内各种生物物种的生长和繁衍，使核心区构成一个有效的保护单元。③一个自然保护区可以有一个或几个核心区。④核心区与保护区总面积的比值原则上应符合要求（见表）。
| 类型 | 超大型、大型 | 中型 | 小型 | |
| A类 | 30% | 35% | 40% | |
| B类 | 野生植物 | 25% | 30% | 35% |
| 野生动物 | 35% | 40% | 45% | |
| C类 | 15% | 20% | 25% | |
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