旗舰种一般是某一特定物种，由于常常分布于某些特定的生态系统中而成为这些生态系统存在的标志。旗舰种的选择并不完全基于生态学意义上的重要性，而是注重它的公众号召力与吸引力。旗舰种不一定是稀有濒危物种，也不一定具有重要生态作用或经济价值，但对于人类而言它们具有重要的精神、美学价值，或在国家、民族文化上具有突出的特征。如大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）就是一个世界性的旗舰种，已成为世界自然基金会（WWF）的标志。此外，在设置自然保护区时，旗舰种同样也是一个重要的宣传工具。尽管某些旗舰种也可能是伞护种，但对旗舰种的要求主要基于其对公众的吸引力，而非纯粹生态学意义上的重要性。因此，一个缺乏公众吸引力的伞护种也很难被成功地用作旗舰种。

旗舰种通常体型较大，如老虎（Panthera tigris），山貘（Tapirus pinchaque），亚洲象（Elephas maximus）。但某些小型灵长类动物如金狮面狨（Leontopithecus rosalia）在巴西也被成功地用作环保教育的典型素材。中国有许多的旗舰种，有些已融入民族文化中，成为文化发展的一部分。如虎除了众所周知的生态价值外，它们威武剽悍，美丽华贵，是勇猛和力量的象征，因其雄伟的体形、漂亮的花纹而广受喜爱，由于处于食物链的顶端，它也是自然生态系统中的关键种。

旗舰种主要用来引起公众对其保护行动的关注，从而通过保护旗舰种来保护其生存的生态系统及内部的全部生物多样性。因此，对旗舰种的保护会促进全方位的保护行动的开展。保护旗舰种是维护环境，实现可持续发展的需要，同时也是人类社会文明进步的标志之一。对旗舰种的保护，还将对区域性生物多样性保护产生巨大的推动作用；另外，在保护的前提下，还可以逐步开展生态旅游，实现保护与当地社会、经济的协调发展。中国云南西双版纳的野象谷就是一个成功的例子。