需要保护的湿地区域一般具有相对明显的湿地生态特征和完整的湿地生态过程，或丰富的生物多样性，或是湿地生物的栖息场所、迁徙通道。对有潜在生态价值的受损湿地，进行湿地恢复与涵养。在湿地保育区内，可以针对特别需要保护或恢复的湿地生态系统、珍稀物种的繁殖地或原产地设置禁入区，针对特殊的湿地生态系统保护与恢复阶段，候鸟及繁殖期的鸟类活动设置临时禁入区。

湿地保育区主要发挥以下几大功能：①生态功能。包括净化水质、降解污染、涵养水源等。②宣教、科研功能。保育区中丰富多样的动植物群落、珍贵濒危物种和独特的自然景观等，为教育和科学研究提供了对象、素料和实验基地，发挥其作为环境保护宣传教育有效载体的功能。③湿地文化功能。充分展示湿地自然生态和历史人文资源。