自然保护区一般分为核心区、缓冲区和实验区三个功能区。保护对象单一，实验和干扰活动少的自然保护区可以只划核心区与实验区或核心区与缓冲区。面积小于500公顷的自然保护区可以不进行功能区划。

自然保护区功能区划遵循科学性、针对性、完整性和协调性的原则，可采用人工区划法、自然区划法和综合区划法。在地形起伏不大的丘陵地带，可采用以人工区划为主的综合区划法，即基本上采用人工区划，同时尽量利用自然界线（河流、山脊、沟谷等）。在地形起伏较大的山区，采用以自然区划为主的综合区划法。

功能区界的界定必须在现地进行，对照明显地物标志调绘到图面材料上。地面标志不明显的地方应采用必要的测绘手段辅助进行。在图面材料上根据主要保护对象的分布状况及生存需求，结合认为干扰和各种自然因子的分布，分析自然保护区内不同地段的重要程度，勾画出功能区的范围。同时，为维持主要保护对象生境和地貌单元的完整性，应利用自然界线或永久性人工构筑物作为功能区的界线，如河流、沟谷、山脊、道路和居民区等。