农用地转用的审批权限集中于国务院和省级人民政府。依建设项目的性质，是否使用土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地范围内的土地来具体划分国务院和省级人民政府的审批权限。①省（自治区、直辖市）人民政府批准的道路、管线和大型基础设施建设项目，以及国务院批准的建设项目，其农用地转用由国务院批准。②能源、交通、水利、矿山、军事等建设项目确需使用土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围外的土地，除①中规定应报国务院批准农用地转用的以外，其余的由省（自治区、直辖市）人民政府批准。③使用土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内的土地，为实施该规划涉及农用地转用的，由原批准土地利用总体规划的机关批准。又可分为两种类型：其一，为实施城市规划涉及农用地转用的，由国务院或省（自治区、直辖市）人民政府批准农转用。其中国务院批准的城市有84个，即中国各直辖市，计划单列市和省、自治区人民政府所在地的市，人口在50万以上的城市。其他城市为实施规划而将农用地转为建设用地的，由省级人民政府批准。其二，为实施村庄、集镇规划涉及农用地转用的，由省（自治区、直辖市）人民政府或其授权的设区的市、自治州人民政府批准。

①提出申请。由组织实施土地利用总体规划的县、市人民政府提出申请，其土地行政主管部门负责编制农用地转用方案、补充耕地方案等报批材料。②逐级报批。按规定由县、市人民政府逐级上报至省级人民政府或国务院，省级人民政府或国务院土地行政主管部门根据土地利用总体规划、土地利用年度计划、国家产业政策及补充耕地等情况进行审查。审查后由有批准权的人民政府批准。③组织实施。农用地转用批准后，由实施土地利用总体规划的地方人民政府及其土地行政主管部门具体组织农用地转用的事项。如果占用耕地，必须履行补充耕地的义务和责任。