1931年日本发动对中国东北地区的侵略战争，进而威逼榆关。南京国民政府行政院命令将故宫博物院所保存的文物、文献全部撤移上海。1932年2月开始装箱，1933年2月6日～5月22日分5批起运，月余平安抵沪，共南运文物及档案13427箱又64包。故宫博物院文献馆保管的清宫档案分别在前4批起运，计有内阁大库红本、史书、诏、敕，军机处档册、折包、杂件、宫中档朱批奏折、引见履历单，内务府奏稿、奏案、题稿、呈稿、事简、档簿等，清史馆档案，刑部档案，以及实录、圣训、本纪、起居注、玉牒、册宝、舆图等，共3773箱。

故宫博物院文物南迁装箱时情形

档案迁移上海后，于原法租界内租赁两处货栈为库房，设立故宫博物院驻沪办事处管理。其间，多次清点，并重新调整了档案次序，编制了箱号。1934年12月在南京朝天宫营建保存库，并将明伦堂重加修缮，作为办公处所。1936年12月将存沪之文物、档案全部移存南京，并设故宫博物院南京分院，撤销了驻京及驻沪两办事处。

1937年七七事变及八一三淞沪抗战爆发后，国民政府又将南京所存文物及档案西迁。分3批起运：第一批80箱（内无档案），运往湖南长沙，转运贵州贵阳、安顺，最后运至四川巴县；第二批9315箱，其中档案998箱，经由汉口转运重庆；第三批7286箱，其中档案748箱，至陕西宝鸡后转运汉中褒城，又移成都，最后运至峨眉。后两批共运档案1746箱，其余仍存南京。汪伪时期，南京留存档案先后移存北极阁、紫金山天文台、中央研究院、东方中学、地质调查所等处。

1937年，第三批南迁四川的文物在川陕公路运输的艰苦状况

1945年抗日战争胜利后，国民党政府将转移至四川巴县、峨眉、重庆3处的文物及档案集中重庆，1947年分由水、陆路运回南京保存库。1946年5月，原留存南京各处的文物及档案亦清点完毕并移存保存库。1949年国民党政府将故宫博物院的文物和档案2900余箱携往台湾，其中清宫档案195箱，包括清代各朝实录、起居注册、朱批奏折、录副奏折、太平天国史料及清史馆档案等，现存台北故宫博物院图书文献处。中华人民共和国成立后，人民政府成立了保管清代档案的专业性档案馆，原存南京的清宫档案分别于1950年、1953年、1958年和1962年分4批运返北京，由中国第一历史档案馆保管。

纪念故宫博物院成立85周年，故宫文物南迁史料展

文献馆档案南迁