位于故宫博物院东华门内。清康熙二十九年（1690）为纂修天命、天聪、顺治三朝历史而设国史馆，史成即撤，至乾隆三十年（1765）遂为常设。1914年北洋政府在国史馆旧址成立清史馆，库房亦转归其属。清史馆在馆长赵尔巽主持下，组织近百人，利用大库所藏档案资料，以14年时间，于1927年编成《清史稿》。书成，清史馆停办。1928年6月，南京国民政府派易培基接收故宫，清史馆大库亦于6月28日被接收，全部档案封存。1929年10月库内档案、图书分交故宫博物院文献馆和图书馆保管。文献馆将档案集中到故宫内南三所分类整理。

存于大库的档案主要是乾隆三十年后收集的档案及编纂的稿本，也有少量清史馆时期修撰的稿本和收集的档案。其中包括：各处咨送的运河奏折档、考察宪政奏折档、八旗公侯伯袭职档等；从内阁借调的史书、丝纶簿、外纪档等；从军机处抄录的上谕档、月折档、奏议档、议复档、奏折档、奏事档、廷寄档等；国史馆编的长编、本纪、传、表、志；清史馆编的传、表、志；清历朝所修实录稿本、起居注稿本和内起居注、列传稿本；官员履历以及人事、经费、庶务档案，已故官员事迹、旌表节妇等档案。

1933年，文献馆档案南迁，清史馆大库档案共83箱随迁，1949年后陆续运回。中华人民共和国成立后，清史馆大库仍是保存明清历史档案的库房之一。1962～1963年曾大规模修缮，较好地解决了库房防潮通风问题。1976年库内档案迁入西华门新建库房，清史馆大库遂改藏文物。