1963年,由引文索引的创始人E.加菲尔德创办。单卷本。摘录了1961年出版的重要期刊613种，来源文献11万篇，引文137万条。1964年，由加菲尔德创办的美国科学信息研究所^[注]正式出版发行，分为两卷，分别摘录了1962、1963年出版的期刊。1965年起每年出版1卷，季刊。1979年起改为双月刊，并有年度累积本和五年度累积本。

《科学引文索引》先后经历了印刷版、联机检索、光盘版、网络版等出版和服务形式，现仍并行出版。1974年，《科学引文索引》进入Dialog系统，面向全球提供联机检索。1988年，光盘版诞生并开始发行，分为带文摘版（月更新）和不带文摘版（季度更新或半年更新）两个版本。1997年，又推出基于浏览器的网络版数据库——《科学引文索引》扩展版（SCIE)。中国境内主要使用的是网络版数据库和印刷版，光盘版则主要用于数据存档。

《科学引文索引》的不同出版形式在内容上有一定差别。其印刷版和光盘版收录期刊均控制在3800种以内，选刊时注重引文分析，也考虑地域性和学科间的平衡，但收录的都是每个国家或地区、每个学科最高水平和最有影响力的期刊；而网络版数据库和联机数据库系统则收录了8800余种来源期刊，因此被称为《科学引文索引》扩展版。

《科学引文索引》有严格的选刊标准，包括：①出版标准。评估期刊是否有同行评议流程、是否遵循出版道德规范、是否遵循国际编辑惯例、是否按固定周期出版、是否有英文全文或英文版题录信息等。②编辑内容。对新入选期刊，会考虑其对新兴学科领域或研究热点的覆盖情况，是否有效丰富了现有数据库内容。③国际多样性。评估期刊的国际化程度，包括作者、编辑和编委会的国别多样性分布；同时考虑收录最优秀的地域性期刊。④引文分析。对已发行数年的期刊，选择其总被引频次、影响因子等指标评估其在所属学科中的重要性和影响力；对新入选期刊，则分析其主要作者或编委会成员在其他期刊发表论文的被引情况，以判断该刊能否吸引高质量论文作者。

《科学引文索引》每年均会按照上述标准对收录期刊进行评估和选择，也正因为其严格的选刊流程和标准，其才成为重要的成果统计工具和学术分析及评价工具。

印刷版每期有6个分册。A、B、C分册为引文索引^[注]，反映历年文献被来源文献引证的情况，又根据被引文献类型和作者情况，分为作者引文索引^[注]、团体作者引文索引^[注]、匿名引文索引^[注]和专利引文索引^[注]4种类型。D分册包括团体索引^[注]和来源索引^[注]。团体索引（分为地区和机构两部分）是根据来源索引中作者单位所在地及名称编制的一种索引，来源索引则是按照来源文献作者姓名字顺编制而成。E和F两个分册为轮排主题索引，按收录论文题目中的所有关键词的字顺轮排，需配合来源索引使用。

SCIE完整收录了全球近80个国家和地区的超过8800种期刊发表的所有文献及其参考文献，数据最早回溯至1900年。

SCIE可通过Web of Science™检索平台上的Web of Science™核心合集^[注]数据库进行检索。该平台提供了基本检索、作者检索、高级检索、参考文献检索等多种检索方式，有作者索引、被引作者索引、团体作者索引、出版物名称索引等多个检索辅助工具，并可从学科类别、文献类型、研究方向、作者/团体作者/编者、来源出版物、出版年、机构扩展、基金资助机构、语种、国别/地区、基本科学指标数据库（ESI）高水平论文、开放获取等角度精炼检索结果，还可分析检索结果，创建引文报告。数据库每周更新。此外，SCIE在Dialog、DataStar、DIMDI、STN等联机检索系统中均能提供服务，中国国内最常用的是Dialog系统。