外源DNA进入体内时，可根据吸收部位不同分为：①外源DNA在胃肠道中的吸收；②外源DNA在肌肉中的吸收。

在日常的进食过程中，胃肠道黏膜会与大量的外源食物DNA接触，绝大部分食物中的外源DNA在消化道的机械力、胃酸和消化酶（DNA酶Ⅰ和DNA酶Ⅱ）的共同作用下迅速降解成小片段。但是，食物中的DNA主要以DNA-蛋白质复合物的形式存在，与裸露DNA相比更为稳定，其在胃肠道中的降解是不完全的，因此，尚有部分残留的外源DNA片段随食物中的营养成分一起，通过胃肠道血管和淋巴管进入体循环。

肌肉注射是外源DNA进入机体的途径之一，也是DNA疫苗免疫的主要途径。通过肌肉注射的外源DNA，首先进入到肌纤维T管和细胞膜样内陷，随后扩散到整个肌纤维。

外源DNA进入细胞后，绝大部分被胞内核酸酶降解，残留的少部分DNA与细胞中非序列依赖性DNA结合蛋白结合，因该结合蛋白可广泛与DNA结合而不依赖于特定的DNA碱基序列，被称为非序列依赖性DNA结合蛋白。DNA-蛋白复合物可通过内吞作用进入细胞核，插入到细胞基因组中，外源DNA插入基因组后，细胞会启动防卫系统，将外源DNA甲基化使其失去表达活性，甲基化的外源DNA最终在细胞分裂过程中被完全降解。

对外源DNA吸收及降解的代谢过程研究甚少。对基因治疗而言，提高目的基因的吸收效率、减少目的基因的降解，降低有害基因的吸收，使治疗基因稳定表达，将有助于提高基因治疗的疗效。对DNA吸收及降解动力学的探索，可为基因治疗提供新型治疗策略，并将有助于更好的理解和解决社会关注的转基因食品和基因治疗的安全性问题。