重点流域指一定时期内对经济社会发展和生态文明建设起促进作用的重要流域。中国的重点流域包括淮河、海河、辽河、太湖、巢湖、滇池、黄河中上游、松花江、丹江口库区及上游、环渤海和三峡库区及其上游等流域，以及中华人民共和国国务院同意的其他需要中央预算内投资支持开展水污染防治和水环境保护的流域。实施重点流域水污染综合防治战略，努力恢复江河湖泊的生机和活力，是促进流域经济社会可持续发展的重要环节。

1999年，温家宝在全国污染防治及重点流域水污染防治工作会议上强调，要“增强信心，狠抓落实，夺取污染防治攻坚战胜利”,标志着中国开始重视重点流域的水污染防治工作。2008年，环保部首次批准《黄河中上游流域水污染防治规划》，扩大了重点流域水污染防治范围。中华人民共和国国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要以来，中华人民共和国国务院陆续批复了淮河、海河、辽河、松花江、三峡库区及上游、丹江口库区及上游、黄河中上游、滇池、巢湖等多流域的水污染防治规划和太湖流域水环境综合治理总体方案。中华人民共和国国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要时期，环保部先后印发了《长江中下游流域水污染防治规划（2011—2015年）》和《重点流域水污染防治规划（2011－2015年）》，对流域水污染防治提出了更高的要求。中华人民共和国国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要时期，流域水污染防治的工作重点在进一步落实好《水污染防治行动计划》（简称“水十条”），规划范围主要包括松花江、辽河、海河、黄河、淮河、长江、珠江等七大流域，兼顾浙闽片河流、西南诸河以及西北诸河、近岸海域及入海河流。

根据《水污染防治行动计划（2016—2020年）》，重点流域水污染防治的主要目标是：①到2020年，长江、黄河、珠江、松花江、淮河、海河、辽河等七大重点流域水质优良（达到或优于Ⅲ类）比例总体达到70%以上；②浙闽片河流、西南诸河、西北诸河及跨界水体水质保持稳定；③地级及以上城市集中式饮用水水源水质达到或优于Ⅲ类比例总体高于93%，全国地下水质量极差的比例控制在15%，近岸海域水质优良（一、二类）比例达到70%左右，沿海省（区、市）入海河流基本消除劣于V类水体；④京津冀区域丧失使用功能（劣于V类）的水体断面比例下降15个百分点左右，长三角、珠三角区域力争消除丧失使用功能的水体。

包括：①质量主线，细化落地；②深化分区，精准施策；③因地制宜，系统治理；④上下联动，多方合力；⑤信息公开，公众参与。重点流域水污染防治的总体思路为：①全面细化落实《水污染防治行动计划》任务措施和目标要求，以环境质量改善为刚性约束，强化环境质量目标管理；②统筹饮用水、地下水、近岸海域等水体，建立流域水生态环境功能分区管理体系，推进流域、区域水污染防治网格化、精细化管理；③在流域、区域层面以控制单元为载体，细化水环境问题清单、水污染防治目标清单、责任清单、任务措施，实施差异化的防治策略，确保“水十条”2020年主要目标的实现。

中国自20世纪90年代中期开始对重点流域展开大规模水污染防治工作，到目前为止重点流域水污染防治工作已取得阶段性进展，大江大河水质改善明显，劣V类水体不断减少，水功能区整体呈向好趋势。但是随着全面实现小康社会和社会经济的快速发展，重点流域人口密度高、经济活动强度大、环境压力重，流域水环境形势依旧严峻，需要开展系统治理工作。